Prediccción estructural y funcional de un fragmento de la proteína Gag del virus de leucósis bovina (VLB)

Abstract

Colombia no tiene información sobre el tipo de Virus de la Leucósis Bovina que circula en las ganaderías, desconocimiento científico que complica la generación de estrategias de control y prevención de la enfermedad en el País. Teniendo en cuenta estas problemáticas y a partir de la caracterización proteómica de un fragmento del gen gag, se quiere identificar los motivos funcionales que posee el mismo.

Para el desarrollo de este trabajo se tomó un fragmento del gen gag del VLB, obtenido por [Mesa et. al., 2013], para iniciar el análisis estructural y funcional de la proteína codificada por este fragmento, por medio de herramientas bioinformáticas. Se observó que existe 100% de identidad de 27 secuencias en estudio, teniendo en cuenta lo anterior se seleccionó una secuencia de aminoácidos correspondiente al código JQ480639.1, denominándola “Fragmento de la proteína Gag del Virus de Leucósis Bovina” (FGagVLB), compuesto por 128 residuos de aminoácidos, con un peso molecular de 13,94KDa y un punto isoeléctrico (pI) de 4.60, presenta dos comportamientos, tanto hidrofóbico como hidrofílico. Los motivos funcionales del FGagVLB obtenidos corresponden a proteínas implicadas en procesos de transformación de células infectadas por virus. Las características primarias y secundarias del FGagVLB permiten contar con una muy buena noción de su identidad y destacar algunas de sus propiedades dentro del marco de la proteómica y genómica. Los motivos funcionales específicos y determinados de la proteína Gag son pieza clave para la generación de posibles biomarcadores específicos de la enfermedad de Leucósis Bovina Enzoótica.

Colombia does not have information about the type of Bovine Leukemia Virus circulating in herds, this scientific ignorance that complicates the generation of strategies for control and prevention of the disease in the country. Given these problems and from proteomics characterization of a fragment of the gag gene is to identify functional motifs that owns it.

For the development of this work, we take a fragment of the BLV gag gene, obtained by [Mesa et. al., 2013], to start the structural and functional analysis of the protein encoded by this fragment, using bioinformatics tools. He noted that there is 100 % identity between 27 sequences studied; for this reason we take the sequence of amino acids corresponding to JQ480639.1 code, calling it "Fragment of the Gag protein of Bovine Leukemia Virus" (FGagVLB), was selected compound of 128 amino acid residues, with a molecular weight of 13.94 kDa and an isoelectric point (pI) of 4.60, has two behaviors, both hydrophobic and hydrophilic. The functional motifs of FGagVLB obtained correspond to proteins involved in transformation of cells infected virus. Primary and secondary features allow FGagVLB have a very good sense of their identity and highlight some of its properties in the context of proteomics and genomics. The functional specific motif and certain of the Gag protein are the key to the generation of possible specific biomarkers of disease Enzootic Bovine Leukemia.