Análisis bioinformático comparativo de la endolisina LysGH15 con otras endolisinas relacionadas

Abstract

In the present project a comparative bioinformatic study of the endolysin LysGH15 encoded by bacteriophage GH15 and related endolysins used as an alternative in the treatment of bacterial infections resistant to antibiotics was carried out. The study was performed using bioinformatics tools such as GenBank used to obtain the amino acid sequence, to establish the biochemical parameters of the LysGH15 endolysin, the tool ProtParam of the ExPASy was used and, in regard to the structures of the endolysins, they were downloaded from Protein Data Bank .For the superposition of the structures the bioinformatic tool Raptor X was used. While, the multiple sequence alignment was performed with MAFFT. From the in silico comparison it was obtained that LysGH15 shows similarities in its sequence and catalytic residues (CYS54, HIS117 and ASP56) with LysK. While with the other endolysins only share some regions in their sequence and present variations in their structure

En el presente proyecto se llevó a cabo un estudio bioinformático comparativo de la endolisina LysGH15 codificada por el bacteriófago GH15 y endolisinas relacionadas utilizadas como alternativa en el tratamiento de infecciones bacterianas resistentes a los antibióticos. El estudio se realizó usando herramientas bioinformáticas como GenBank empleado para obtener la secuencia aminoacídica, para establecer los parámetros bioquímicos de la endolisina LysGH15 se usó la herramienta ProtParam del ExPASy y en cuanto a la obtención de las estructuras de las endolisinas se descargaron de Protein Data Bank. Para superponer las estructuras se usó la herramienta Raptor X. Mientras, que la alineación de secuencias múltiples se realizó con MAFFT. De la comparación in silico se obtuvo que LysGH15 muestra similitudes en su secuencia y residuos catalíticos (CYS54, HIS117 y ASP56) con LysK. Mientras que con las otras endolisinas solo comparten algunas regiones en su secuencia y presenta variaciones en su estructura