Análisis topológico del interactoma de Helicobacter pylori revela proteínas topológicamente esenciales: identificación de blancos terapéuticos
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Gutiérrez E., Andrés Julián | 2014-01
La Helicobacter pylori ha colonizado la mitad de la población mundial; su infección presenta una prevalencia
del 70% al 90% en países en vía de desarrollo y del 25% al 50% en países industrializados. Está establecido
que la infección se asocia con el desarrollo de gastritis crónica, úlcera gástrica y duodenal y con cáncer de
estómago en el humano. Helicobacter pylori fue la primera bacteria patógena para la cual se dedujo el interactoma
y por análisis topológicos se identificaron 702 proteínas involucradas en 1359 interacciones con una
cobertura del 97,7% con escala libre; es decir, que el interactoma contiene proteínas topológicamente esenciales.
Sin embargo, dichas proteínas y sus asociaciones fisiológicas no han sido descritas, perdiendo de
esta manera la posibilidad de identificar posibles blancos terapéuticos. Con el objetivo de identificar proteínas
topológicamente esenciales se realizó una reconstrucción del interactoma de la cepa H. pylori ATCC 26695
empleando los complementos BioNetBuilder y NetworkAnalyzer de Cytoscape y la aplicación web cytoHubba.
La reconstrucción presentó 896 proteínas y 2416 interacciones con una cobertura del 96% del proteoma
ajustada a la distribución de ley de potencias, es decir, presentó escala libre. Usando NetworkAnalyzer y
la aplicación Hubba se identificaron proteínas esenciales según los parámetros K y BC; con las que se
construyó una subred. El análisis de esta subred mostró que el sistema de secreción tipo IV interactúa con
subsistemas metabólicos de lípidos, aminoácidos y ácidos nucleicos por medio de proteínas, para las cuales
esta interacción no había sido sugerida. Además, estas interacciones son explicables por perfiles de expresión
dependientes del pH, adhesión y homeostasis del hierro; lo cual permite complementar tanto la biología
básica de la cepa como postular nuevos blancos terapéuticos putativos.
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