Envíos recientes

C. Publicaciones institucionales

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Estudio de los mecanismos moleculares de la acción antiproliferativa del Gibbilimbol B mediante aproximaciones proteómicas y bioinformáticas

Cardona Ramírez, Carolina | 2021-09-20

Durante el segundo semestre del año 2020 se trabajo en la obtención de los IC50 del compuesto para las líneas celulares MCF7 y MDAMB. Se estimó una concentración de trabajo para ambos compuestos por debajo del valor de IC50. Lo anterior, para obtener población celular de análisis suficiente para los ensayos de proteómica. Las incubaciones se realizaron a 3 tiempos distintos (8,16 y 24 horas). Las células se colectaron, se lisaron, se liofilizaron y se prepararon para los ensayos proteómicos. A continuación, se detalla el flujo de actividades realizadas en Málaga y España: Los análisis por Label-free se exportaron a un excel que resume los resultados de la cuantificación relativa de proteínas en las muestras. Es importante resaltar que se decidió inyectar en el espectrómetro de masas cada una de las muestras después de la ejecución de un blanco. Esto se hace para evitar el posible arrastre de muestras inyectadas con anterioridad en la columna cromatográfica. Los ficheros exportados del Orbitrap se procesaron según el flujo de trabajo que data en la siguiente imagen: Tomada de : https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S1874391920300373-ga1_lrg.jpg Posteriormente, se realizaron los análisis bionformáticos usando Perseus, Cytoscape para la creación de redes de proteínas, y Cluego para la identificación de vías metabólicas implicadas [1-3]. Se realizaron ensayos de validación de muerte celular mediante citometría de flujo e inmunotransferencia Western que confirman la presencia de activación de la vía de las caspasas para la inducción de la muerte celular programada. La estandarización de estos ensayos permitió la validación de la actividad de estas vías a diferentes concentraciones usando el siguiente flujo de trabajo: El número de células dependiente de las fases de crecimiento exponencial propias de cada tipo celular es crítico en este tipo de procedimientos. En este sentido, se trabajaron siempre concentraciones de trabajo que permitieran obtener como mínimo entre 250-500 células/mL, en placas de 24 wells.

Caracterización del proceso productivo y comercial del cultivo de arándano (vaccinium corymbosum) en zonas productivas de Colombia y México

Moreno Ortiz, Carlos Alberto | 2021-08-31

Dentro del Informe Final del proyecto de investigación, estos son las actividades que se desarrollaron desde la fecha de inicio del proyecto hasta la fecha de finalización presentadas en el anterior ítem (1. Identificación del Proyecto) y con una prorroga debido a la pandemia que desde marzo hasta diciembre del año 2020; se establecieron una prorroga debido a que no se ajustaron horas de investigación en el PILA de los profesores. A continuación, se presentan en resumen las actividades en donde se desarrollaron los objetivos: Para el objetivo 1 se acordó: - Se determinó que se desarrollarían 4 fincas (por definir). - Como primeros ajustes y por cuestiones de tiempo y agendas con los profesores, se determinó ajustar las fechas tentativas para la toma de muestras (mes de junio de 2020). Sin embargo, se tiene que replantar nuevamente las fechas debido a la Directiva N° 128 de abril 2 del 2020 por el cual se instauran disposiciones institucionales frente a las prácticas, pasantías y salidas de campo del periodo 2020-01. - Se compiló la información de la caracterización del arándano con una información recibida por el Ing. Fernando Peña Baracaldo y se inicia la organización y estructuración de un documento de producción científica para ser entregado próximo mes de agosto 2021. Sim embargo, La muestra representativa predeterminada y asumida desde el principio del proyecto para el análisis de caracterizar del suelo para la producción del arándano no fue representativa, solo se determinó y se levantaron los datos de dos (2) predios presentados en un informe de resultados. Se recomienda desarrollar un muestreo mejor representativo para identificar la caracterización fisiológica en la producción del arándano para detectar con efectividad parámetros contaminantes que lo afectan. Se deja un documento de resultado de investigación. Para el objetivo 2 se identificaron los siguientes aspectos: - Se recibieron los datos de costos de instalación por hectárea y sus especificaciones requeridas en cuanto a malla anti-pájaros, malla cubre-suelos, y malla antigranizo de la empresa Proplantas y se enviaron a México para su análisis. - No se ha recibido información por parte de la Universidad Panamericana de Guadalajara con respecto a la utilización como resultado de los reportes que fueron enviados para su consolidación y análisis. - Como resultado de la no respuesta por parte de los profesores de México, se estructuró un artículo científico titulado: “Cost Analysis of Blueberry Production (Vaccinium corymbosum) From the Cundiboyacense Highlands in Colombia” entre el Profesor Carlos Alberto Moreno y el Ing. Fernando Peña Baracaldo. Este artículo (artículo adjunto) se encuentra en revisión de pares evaluadores externos en temas de escritura y de metodología técnica y será sometido para publicación a finales de diciembre 2021. Para el objetivo 3 se identificaron los siguientes aspectos: - Se levantó los datos con respecto al panel sensorial que se realizó en los meses de noviembre y diciembre de 2019 y se están analizando los datos en conjunto con profesores de México y Colombia. - Se espera la organización de los datos obtenidos en una plataforma específica y analizarlos durante el periodo 2020-01. - Se estructuró un artículo científico titulado: “Comparison of consumer perception of Colombian and Mexican Blueberries” entre profesores de México y Colombia y está en segunda revisión interna de pares evaluadores y de editores de la revista científica. Cabe anotar que la profesora registra este artículo sin mencionar al director del proyecto por mutuo acuerdo debido a las diferentes actividades, participación y el desarrollo de perfiles profesionales que involucraron el artículo. Para el objetivo 4 se desarrolló: - Se está levantando la información de los datos obtenidos en la encuesta realizada en cada muestreo de finca y análisis para el periodo 2020-01. - El proveedor INVITRO Colombia entregó los datos en físico y medio electrónico de los datos obtenidos en México y Colombia de las fincas muestreadas el pasado 30 de marzo 2020. Se espera realizar una reunión con los administradores y dueños de las 18 fincas productoras de arándano. Sin embargo, debido a la Directiva N° 128 de abril 2 del 2020 por el cual se instauran disposiciones institucionales frente a las prácticas, pasantías y salidas de campo del periodo 2020-01; se espera fechas tentativas hasta nueva orden para diseminar la información mediante una reunión personalizada de los productores de arándanos, ASOCOLBLUE y la Universidad. - Se enviaron los resultados obtenidos del muestreo de las fincas en México vía email al Dr. Alejandro Rodríguez Magaña director del Proyecto Arándanos de la Universidad de Panamericana en Guadalajara para que diseminara la información con los productores donde se les realizó el muestreo. - Se comenzó a estructurar un artículo científico titulado: “Descriptive microbiota of blueberry farms from Mexico and Colombia” relacionado como producción científica. Este artículo (artículo adjunto) se encuentra en revisión de pares evaluadores externos en temas de escritura y de metodología técnica y será sometido para publicación a finales de diciembre 2021.

Análisis institucional de la innovación agroforestal en paisajes del trópico alto; Cundinamarca, Colombia

Palacios Buchelli, Vandreé Julián | 2021-08-24

Se definió como unidad espacial de análisis en cada paisaje polígonos de 1km x 1km, sobre estos se comenzó a digitalizar polígonos de uso del suelo según la clasificación Corine land Cover para Colombia Propuesta por el Ideam para así obtener las métricas de cada paisaje. Adicionalmente, se realizaron pruebas piloto de recolección de información fotográfica con dron en los polígonos de las unidades de paisaje de Hato Grande y Mochuelo Alto. Los egresados Daniel Andrés Ariza Rodríguez y July Catalina Montejo Hurtado del programa de ingeniería geográfica vinculados en el objetivo 1, obtuvieron su título profesional con el trabajo de grado en modalidad de investigación titulado: “Análisis de la distribución espacial del uso del suelo agroforestal en 4 paisajes en el trópico alto, Cundinamarca – Colombia”. Un trabajo de grado de dos estudiantes del Programa de Ingeniería Agronómica (Juan Manuel Castro Herrera y David Santiago Estevez), titulado “Caracterización espacial de arreglos agroforestales en cuatro paisajes agrícolas del trópico alto, Cundinamarca – Colombia”, cuenta con aprobación con modificaciones por parte de jurados evaluadores se encuentra en fase de redacción de conclusiones y realizando ajustes finales al documento para ser sometido a jurados y posterior sustentación del trabajo. Entre diciembre de 2019 y febrero de 2020 se aplicaron instrumentos de diagnóstico de análisis institucional de la innovación agroforestal con actores (agricultores y líderes de organizaciones) en las unidades de paisaje de Mochuelo Alto y del área de influencia del Sistema de Humedal Torca-Guaymaral. L@s egresad@s Rosa Elena Sánchez Rodríguez, Wilmar de Jesús Jaramillo Vélez y Blanca Viana Rodríguez Piñeros del programa de Derecho de la U.D.C.A se vincularon al objetivo 2 del proyecto, quienes apoyaron en la recolección de información de campo. La egresada Rosa obtuvo su título profesional con el trabajo de grado en modalidad de investigación titulado: “Factores de la gobernanza local en la política forestal nacional: análisis a partir de estudios de casos en los municipios de Suesca y Chipaque- Bogotá periferia Norte y Sur”. En cuanto a l@s otr@s egresados, obtuvieron sus títulos profesionales con la investigación titulada: “Política forestal nacional a partir de modelos de gobernanza ambiental local: análisis de casos en municipios de Suesca y Chipaque – Bogotá periferia Norte y Sur”. El Profesor Gustavo Adolfo Ortega Guerrero vinculado a este objetivo finalizó su contrato con la U.D.C.A razón por la cual la Profesora Magaly Barragán estuvo coordinando el objetivo desde la desvinculación del Dr. Ortega. Con la información obtenida previamente de la pandemia, se realizó un ejercicio de ratificación en el 2021 desde el campo humano y social para el análisis de los factores que influyen en el proceso de gobernanza institucional e innovación agroforestal desde la dimensión social y humana. Todo esto teniendo en cuenta que el análisis establecido correspondía al ámbito jurídico, área de experticia del profesor que se desvinculo en el año 2020. El objetivo tres vinculó a la estudiante Johana Andrea Quiroga Colorado del programa de Maestría en Agroforestería Tropical para que adelante su trabajo de investigación, con la aceptación del proyecto por parte de los jurados evaluadores se estuvo trabajando en el análisis de información colectada en campo. Sin embargo, la estudiante aplazo el semestre 2021-2 para continuar su Programa en el periodo 2022-1. La última salida de campo para recolección de información se realizó en los meses de febrero y marzo de 2021. Se culminó el trabajo de recolección de información en campo. Un artículo científico publicado en 2020 en revista Cogent Environmental Science titulado “Adoptions potentials and barriers of silvopastoral system in Colombia: Case of Cundinamarca región”. Se realizaron 72 encuetas a l@s agricultores del área de estudio, para el análisis de percepción de riesgos ambientales enfocados a la agricultura en 3 unidades de paisaje, el producto obtenido en este último aspecto está asociado a una publicación de artículo científico con el siguiente título: “Perception and attitude of local actors on soil degradation: A mixed method approach of high landscape tropics on agroforestry context in Colombia” bajo la autoría de los Profesores Carlos Alberto Moreno Ortiz y Gustavo Adolfo Ortega Guerrero. El objetivo cuatro finalizó la fase de campo correspondiente a la determinación del servicio de regulación “ciclaje de nutrientes” en Mochuelo Alto, las muestras de suelos y hojarasca en diferentes estados se procesaron y se realizaron los análisis de laboratorio correspondientes. El trabajo de grado en modalidad de investigación titulado: “producción, degradación y aportes de nutrientes de la hojarasca en 3 especies arbóreas del alto andino en el trópico alto de Cundinamarca” de los estudiantes Nixon Sánchez Rojas y Alberto Castaño se encuentra en fase de redacción. Los datos de evaporación y precipitación en 5 estructuras de dosel en el campus de la U.D.C.A concluyeron su registro, adicionalmente los estudiantes Jorge Luis Perafán y Eduardo Cruz Andrade de pregrado finalizaron con el levantamiento de información en campo sobre carbono en la biomasa aérea de la U.D.C.A. Las bases de datos de este objetivo se encuentran sistematizadas y con sus respectivos análisis estadísticos. En el objetivo 5 se realizó una revisión bibliográfica sobre restauración agroecológica y sistemas silvopastoriles (SSP). Se realizó una caracterización de la zona de estudio, enfocándose en el predio y en el productor. Se determinaron unas especies vegetales para utilizar en los diseños de los sistemas, con el fin de realizar la evaluación económica del sistema silvopastoril. Finalmente se generó un modelo para la evaluación y aplicación de SSP y se derivaron unas conclusiones generales.

Características anatómicas de la arteria cística en una muestra de cadáveres del anfiteatro de una institución universitaria de Colombia año 2020

Quijano Blanco, Yobany | 2021-10-11

Se buscó literatura en base de datos Medline, Pubmed, Scopus con las palabras claves, variaciones arteria cística, anatomía arteria cística y se empezó con la disección de un bloque digestivo, buscando la arteria cística de la siguiente manera: • Se disecaron 60 bloques o plastrones digestivos, que contaba con hígado, arteria cística, vías biliares accesorias, conducto colédoco, páncreas, intestino delgado y grueso, en el Anfiteatro. • Se procedió a identificar el sexo del individuo del cual procede el plastrón digestivo a través de la identificación de ovarios y útero en mujeres o de la próstata y testículos en los hombres • Se identifica las vías biliares extrahepáticas con énfasis en el triángulo hepatocístico • Se retira el peritoneo, epiplones y se procede: • Se Diseco la arteria cística • Se midió la longitud y calibre de la arteria cística. • Se describió el origen y recorrido de la arteria cística. • Se tomó registro fotográfico Las patologías de las vías biliares tienen una importante incidencia, algunos estudios reportan desde alteraciones asintomáticas hasta trastornos neoplásicos de mal pronóstico, en donde se encuentra que una de las patologías más frecuente de las vías biliares es la colelitiasis biliar que afecta hasta un 20% de la población general (1), y que compromete en un 15% la población de Europa y Norteamérica. En Latinoamérica en la actualidad existen escasas publicaciones sobre las características y variaciones anatómicas de la arteria cística. (2). En Colombia en particular, no existe un estudio publicado que explique dichas variaciones en la población colombiana. Por lo anterior, es importante realizar un estudio sobre las características y posibles variaciones anatómicas de la arteria cística en una muestra de población colombiana, que les permitirá a los morfólogos, cirujanos, a los radiólogos y demás especialidades médicas interesadas tener un mayor conocimiento sobre posibles variaciones anatómicas de esta estructura vascular, que pueda redundar en una disminución de las complicaciones quirúrgicas derivadas del desconocimiento de estas y permitirá adicionalmente poder interpretar mejor las diversas herramientas diagnósticas paraclínicas en los casos en los que dichas variaciones estén presentes.

Determinación del sexo según la apófisis mastoides en una muestra de población colombiana

Vargas Suancha, Daniel Felipe | 2021-09-02

Objetivos: Determinar el sexo a través de la apófisis mastoides mediante un estudio descriptivo, con el fin de establecer las principales diferencias anatómicas de la mastoides en los hombres y mujeres. Materiales y métodos: Se realizó una revisión de la literatura que se encuentra en las diferentes bases de datos médicas a nivel nacional e internacional y luego se evaluaron 19 cráneos humanos trabajados bajo la norma de calidad de piezas óseas del anfiteatro anatómico de la Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales (U.D.C.A) disecados previamente y con desconocimiento del sexo y edad de procedencia de la muestra señalada. Las medidas fueron tomadas en milímetros por un calibrador digital y se tomó registró fotográfico de la muestra seleccionada. Resultados: Se evaluaron seis (6) de los parámetros establecidos por Mazza en diecisiete (17) cráneos humanos, de los cuales 5 fueron hombres y 12 mujeres. Discusión: Los resultados obtenidos en el presente estudio con el de Mazza et. al, tienen una alta concordancia, pues con un intervalo de confianza del 95% se estableció que los intervalos de las medias son significativos y aplicables en las dos poblaciones. Se puede afirmar de manera categórica que sí es posible determinar mediante relaciones entre distintos parámetros de la apófisis mastoides el sexo de un cadáver óseo.

Caracterización de las arterias coronarias en corazón de porcino como modelo anatómico didáctico en estudiantes del área de la salud

Vargas, Daniel | 2020

El corazón humano tiene una disposición característica de irrigación dada por dos arterias coronarias izquierda y derecha. Dependiendo de cuál sea el recorrido de estas arterias se puede determinar la importancia y la relación clínica con el electrocardiograma, ya que las ramas de las coronarias tienen una dominancia distinta en diferentes territorios de irrigación. Objetivos: El presente trabajo de investigación tiene un enfoque descriptivo en el que se buscó determinar las principales diferencias estructurales en la irrigación del corazón de porcino y del humano con el fin de establecer una herramienta de aprendizaje para los estudiantes del área de ciencias de la salud. Metodología: El estudio se realizó en la Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales (UDCA); donde se tomó una muestra de 28 corazones de porcino los cuales fueron inyectados con látex y posteriormente disecados. Resultados: Las arterias evaluadas del corazón del porcino presentaron una morfología similar a la del humano; sin embargo, la arteria interventricular posterior mostró una variación anatómica respecto a su origen. El territorio de irrigación fue dado por la arteria coronaria derecha en la totalidad de las muestras. Se recomienda usar un número mayor de especímenes a evaluar.

Diferencias de la primera vértebra cervical en una muestra de población colombiana según el sexo

Vargas Suancha, Daniel Felipe | 2019

Objetivos: Determinar el sexo de cadáveres óseos por medio del estudio cuantitativo de la primera vértebra cervical, identificando sus características a través de un análisis experimental con el fin de establecer las diferencias morfológicas de las vértebras en hombres y en mujeres. Materiales y métodos: Se revisó literatura Nacional e Internacional y luego se evaluaron 20 cadáveres óseos a partir del análisis la primera vértebra cervical (C1, Atlas) del anfiteatro anatómico de dos instituciones universitarias en Bogotá D.C-Colombia ya disecadas previamente y con desconocimiento del sexo y edad de procedencia de los cadáveres. Las medidas se tomaron en milímetros con un calibrador digital, se realizó registro fotográfico y finalmente se tabularon los datos. Resultados: Teniendo en cuenta ocho parámetros establecidos se determinó que once corresponden a hombres, ocho a mujeres y una indeterminada. Discusión: Los resultados obtenidos previamente por Medina et. al., 2011, concuerdan con este estudio pues el intervalo de la media para el parámetro Anchura Máxima del Proceso Transverso de la vértebra C1 fue acorde en ambos estudios. Se destaca que en el presente estudio no se conocía el sexo a diferencia de otros estudios dónde se tenía conocimiento previo de éste.

Supervivencia de pacientes con cáncer de próstata en un hospital de Bogotá, Colombia 2008-2014

Campos Guzman, Nelson Rolando | 2021-08-02

El cáncer de próstata es actualmente una de las principales patologías que afectan a los hombres. El objetivo del presente artículo fue estimar la supervivencia de los pacientes con cáncer de próstata de riesgo intermedio y alto pertenecientes al régimen especial de salud (militares). Se realizó un estudio de cohorte que estima la función de supervivencia con el método de Kaplan-Meier y el Hazard ratio (HR) en función de variables explicativas mediante un modelo de regresión de Cox. Los pacientes incluidos fueron diagnosticados por urología y/o confirmados con apoyos diagnósticos. No se incluyeron pacientes tratados para cáncer de próstata en otra institución o por tumores primarios diferentes a próstata y quienes consultaron para tomar una segunda opinión médica. Los pacientes de riesgo intermedio sobreviven en un 90% tanto a cinco como a siete años, y los de riesgo alto sobrevivieron en 35% y 30% a cinco y siete años, respectivamente, con una mediana de 28 meses. Este estudio permitió concluir que la supervivencia de los pacientes clasificados como riesgo intermedio es similar a la nacional e internacional; sin embargo, en los pacientes de alto riesgo la supervivencia es inferior respecto a otros países.

Breaking down barriers to surgical learning in times of COVID-19: an initiative of future surgeons

Ortega Sierra, Michael Gregorio | 2021

ESAT-6 and Ag85A Synthetic Peptides as Candidates for an Immunodiagnostic Test in Children with a Clinical Suspicion of Tuberculosis

Araujo, Zaida | 2021

Background. Tuberculosis (TB) is being underdetected in children as most are smear-negative. This work was aimed at evaluating ESAT-6 and Ag85A synthetic peptides’ serodiagnostic potential for diagnosing children having a clinical suspicion of TB. Methods. The study involved 438 children: 77 Creole nonindigenous (13 suspected of having TB and 64 healthy ones) and 361 Warao indigenous children (39 suspected of TB and 322 healthy children). The approach’s diagnostic information was compared using operational characteristics and receiver-operating characteristic (ROC) curves. Results. Ag85A P-29879 had 94.6% sensitivity (: 0.651 to 0.819 95% CI) in indigenous children. ESAT-6 P-12036 and P-12037 had 100% and 92.3% of sensitivity (: 0.929: 0.846 to 0.975 95% CI and 0.791: 63.9 to 98.7 95% CI, respectively) in Creole children. ESAT-6 peptides also allowed a differentiation between children with TB and healthy ones. Conclusions. Further validation of this approach could lead to developing a complementary tool for rapid TB diagnosis in children.

Machine learning models to select potential inhibitors of acetylcholinesterase activity from SistematX: a natural products database

Herrera-Acevedo, C. | 2021

Alzheimer's disease is the most common form of dementia, representing 60-70% of dementia cases. The enzyme acetylcholinesterase (AChE) cleaves the ester bonds in acetylcholine and plays an important role in the termination of acetylcholine activity at cholinergic synapses in various regions of the nervous system. The inhibition of acetylcholinesterase is frequently used to treat Alzheimer's disease. In this study, a merged BindingDB and ChEMBL dataset containing molecules with reported half-maximal inhibitory concentration (IC50) values for AChE (7032 molecules) was used to build machine learning classification models for selecting potential AChE inhibitors from the SistematX dataset (8593 secondary metabolites). A total of seven fivefold models with accuracy above 80% after cross-validation were obtained using three types of molecular descriptors (VolSurf, DRAGON 5.0, and bit-based fingerprints). A total of 521 secondary metabolites (6.1%) were classified as active in this stage. Subsequently, virtual screening was performed, and 25 secondary metabolites were identified as potential inhibitors of AChE. Separately, the crystal structure of AChE in complex with (-)-galantamine was used to perform molecular docking calculations with the entire SistematX dataset. Consensus analysis of both methodologies was performed. Only eight structures achieved combined probability values above 0.5. Finally, two sesquiterpene lactones, structures 15 and 24, were predicted to be able to cross the blood-brain barrier, which was confirmed in the VolSurf+ quantitative model, revealing these two structures as the most promising secondary metabolites for AChE inhibition among the 8593 molecules tested. A consensus analysis of classification models and molecular docking calculations identified four potential inhibitors of acetylcholinesterase from the SistematX dataset (8593 structures)

International optimism: Correlates and consequences of dispositional optimism across 61 countries

Baranski, Erica | 2021

Objective: The current exploratory study sought to examine dispositional optimism, or the general expectation for positive outcomes, around the world. Method: Dispositional optimism and possible correlates were assessed across 61 countries (N = 15,185; mean age = 21.92; 77% female). Mean-level differences in optimism were computed along with their relationships with individual and country-level variables. Results: Worldwide, mean optimism levels were above the midpoint of the scale. Perhaps surprisingly, country-level optimism was negatively related to gross domestic product per capita, population density, and democratic norms and positively related to income inequality and perceived corruption. However, country-level optimism was positively related to projected economic improvement. Individual-level optimism was positively related to individual well-being within every country, although this relationship was less strong in countries with challenging economic and social circumstances. Conclusions: While individuals around the world are generally optimistic, societal characteristics appear to affect the degree to which their optimism is associated with psychological well-being, sometimes in seemingly anomalous ways

Identification of Multiple Blastocystis Subtypes in Domestic Animals From Colombia Using Amplicon-Based Next Generation Sequencing

Higuera, Adriana | 2021

Blastocystis is frequently reported in fecal samples from animals and humans worldwide, and a variety of subtypes (STs) have been observed in wild and domestic animals. In Colombia, few studies have focused on the transmission dynamics and epidemiological importance of Blastocystis in animals. In this study, we characterized the frequency and subtypes of Blastocystis in fecal samples of domestic animals including pigs, minipigs, cows, dogs, horses, goats, sheep, and llama from three departments of Colombia. Of the 118 fecal samples included in this study 81.4% (n = 96) were positive for Blastocystis using a PCR that amplifies a fragment of the small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) gene. PCR positive samples were sequenced by next generation amplicon sequencing (NGS) to determine subtypes. Eleven subtypes were detected, ten previously reported, ST5 (50.7%), ST10 (47.8%), ST25 (34.3%), ST26 (29.8%), ST21 (22.4%), ST23 (22.4%), ST1 (17.9%), ST14 (16.4%), ST24 (14.9%), ST3 (7.5%), and a novel subtype, named ST32 (3.0%). Mixed infection and/or intra -subtype variations were identified in most of the samples. Novel ST32 was observed in two samples from a goat and a cow. To support novel subtype designation, a MinION based sequencing strategy was used to generate the full-length of the SSU rRNA gene. Comparison of full-length nucleotide sequences with those from current valid subtypes supported the designation of ST32. This is the first study in Colombia using NGS to molecularly characterize subtypes of Blastocystis in farm animals. A great diversity of subtypes was observed in domestic animals including subtypes previously identified in humans. Additionally, subtype overlap between the different hosts examined in this study were observed. These findings highlight the presence of Blastocystis subtypes with zoonotic potential in farm animals indicating that farm animals could play a role in transmission to humans

Nanovaccines against animal pathogens: The latest findings

Celis Giraldo, Carmen Teresa | 2021

Nowadays, safe and efficacious vaccines represent powerful and cost-effective tools for global health and economic growth. In the veterinary field, these are undoubtedly key tools for improving productivity and fighting zoonoses. However, cases of persistent infections, rapidly evolving pathogens having high variability or emerging/re-emerging pathogens for which no effective vaccines have been developed point out the continuing need for new vaccine alternatives to control outbreaks. Most licensed vaccines have been successfully used for many years now; however, they have intrinsic limitations, such as variable efficacy, adverse effects, and some shortcomings. More effective adjuvants and novel delivery systems may foster real vaccine effectiveness and timely implementation. Emerging vaccine technologies involving nanoparticles such as self-assembling proteins, virus-like particles, liposomes, virosomes, and polymeric nanoparticles offer novel, safe, and high-potential approaches to address many vaccine development-related challenges. Nanotechnology is accelerating the evolution of vaccines because nanomaterials having encapsulation ability and very advantageous properties due to their size and surface area serve as effective vehicles for antigen delivery and immunostimulatory agents. This review discusses the requirements for an effective, broad-coverage-elicited immune response, the main nanoplatforms for producing it, and the latest nanovaccine applications for fighting animal pathogens.

The First Chemically-Synthesised, Highly Immunogenic Anti-SARS-CoV-2 Peptides in DNA Genotyped Aotus Monkeys for Human Use

Patarroyo, Manuel-Elkin | 2021

Thirty-five peptides selected from functionally-relevant SARS-CoV-2 spike (S), membrane (M), and envelope (E) proteins were suitably modified for immunising MHC class II (MHCII) DNA-genotyped Aotus monkeys and matched with HLA-DRβ1* molecules for use in humans. This was aimed at producing the first minimal subunit-based, chemically-synthesised, immunogenic molecules (COLSARSPROT) covering several HLA alleles. They were predicted to cover 48.25% of the world’s population for 6 weeks (short-term) and 33.65% for 15 weeks (long-lasting) as they induced very high immunofluorescent antibody (IFA) and ELISA titres against S, M and E parental native peptides, SARS-CoV-2 neutralising antibodies and host cell infection. The same immunological methods that led to identifying new peptides for inclusion in the COLSARSPROT mixture were used for antigenicity studies. Peptides were analysed with serum samples from patients suffering mild or severe SARS-CoV-2 infection, thereby increasing chemically-synthesised peptides’ potential coverage for the world populations up to 62.9%. These peptides’ 3D structural analysis (by 1H-NMR acquired at 600 to 900 MHz) suggested structural-functional immunological association. This first multi-protein, multi-epitope, minimal subunit-based, chemically-synthesised, highly immunogenic peptide mixture highlights such chemical synthesis methodology’s potential for rapidly obtaining very pure, highly reproducible, stable, cheap, easily-modifiable peptides for inducing immune protection against COVID-19, covering a substantial percentage of the human population

Application of proteomic to investigate the different degrees of meat tenderness in Nellore breed

Malheiros, J. M. | 2021

This study describes the association between meat tenderness and abundance of soluble muscle proteins in Nellore bulls (Bos indicus) using a proteomic approach. We evaluated shear force (SF) of Longissimus thoracis muscle 24 h after slaughter and selected three experimental groups of animals with moderately tender (TE; SF = 3.9 ± 0.7 kg), moderately tough (TO; SF = 5.6 ± 0.7 kg) and very tough meat (TO+; SF = 7.9 ± 1.4 kg). Proteome was investigated by two-dimensional electrophoresis (2D-PAGE) in combination with electrospray ionization-tandem mass spectrometry (ESI–MS/MS). The metabolic proteins triosephosphate isomerase (TPI1) and phosphoglucomutase 1 (PGM1), the structural protein profilin 1 (PFN1), and cytosol aminopeptidase (LAP3) were up-regulated (P < 0.05) in the TE meat group when compared to the TO and TO+ groups. Actin structural proteins (ACTA1, ACTB, and ACTG1), the oxidative stress protein peroxiredoxin (PRDX6, PRDX2, PRDX1, and PARK7), heat shock protein isoforms, and co-chaperones (CDC37 and STIP1) were up-regulated (P < 0.05) in the TO and TO+ meat groups. In addition, we also identified proteins PFN1, LAP3, PRDX1, PRDX2, HSPD1, and ARHGDIA to be associated with beef tenderness. The results reported herein demonstrated that meat tenderness in Nellore cattle depends on the modulation and expression of a set of proteins involved in different biological pathways.

Genetic diversity and population structure of Rhipicephalus sanguineus sensu lato across diferent regions of Colombia

Páez‑Triana, Luisa | 2021

Background: There has been a long-standing debate over the taxonomic status of Rhipicephalus sanguineus sensu lato. Different studies worldwide have reported the occurrence of different well-defined lineages, in addition to Rhipicephalus sanguineus sensu stricto. To date, there are very few studies examining the diverse aspects of this tick in Colombia. We assessed the population structure and genetic diversity of R. sanguineus s.l. in eight departmental regions across Colombia. Methods: A total of 170 ticks were collected from dogs in different departments of Colombia. All specimens were morphologically compatible with R. sanguineus s.l. and subjected to genetic analysis. DNA sequences were obtained for the 12S rDNA, cytochrome oxidase I (COI) and internal transcribed spacer 2 (ITS2) markers. A concatenated set of all mitochondrial markers was also constructed. Next, maximum likelihood phylogenetic trees were constructed using the sequences generated herein and sequences available in GenBank. Finally, we assessed different summary statistics and analysed population structure and divergence with Fst and Dxy and demographic changes with Tajima's D and Fu and Li’s statistical tests. Results: Analysis of the 12S rDNA and COI revealed that all R. sanguineus s.l. specimens collected across different regions of Colombia clustered within the tropical lineage. Micro-geographical analyses showed that the tick population from Amazonas formed a distinct cluster separated from the other sequences, with moderate Fst and Dxy values. However, no signs of a robust population structure were found within the country. The results of Fu’s FS tests, together with the haplotype networks and diversity values, signal a possible population expansion of this tick species in Colombia. Conclusions: Evidence provided herein supports the tropical lineage as the main circulating lineage in Colombia, exhibiting a general lack of genetic structure except for the Amazonas region

The impact of immigration on tuberculosis and HIV burden between Colombia and Venezuela and across frontier regions

Arenas Suarez, Nelson Enrique | 2021

Historically, human migrations have determined the spread of many infectious diseases by promoting the emergence of temporal outbreaks between populations. We aimed to analyze health indicators, expenditure, and disability caused by tuberculosis (TB) and HIV/AIDS burden under the Colombian-Venezuelan migration flow focusing on the Northeastern border. A retrospective study was conducted using TB and HIV/AIDS data since 2009. We consolidated a database using official reports from the Colombian Surveillance System, World Health Organization, Indexmundi, the Global Health Observatory, IHME HIV atlas, and Joint United Nations Programme on HIV/AIDS (UNAIDS). Disability metrics regarding DALYs (disability adjusted life years) and YLDs (years lived with disability), were compared between countries. Mapping was performed on ArcGIS using official migration data of Venezuelan citizens. Our results indicate that TB profiles from Colombia and Venezuela are identical in terms of disease burden, except for an increase in TB incidence in the Colombian-Venezuelan border departments in recent years, concomitantly with the massive Venezuelan immigration since 2005. We identified a four-fold underfunding for the TB program in Venezuela, which might explain the low-testing rates for cases of multidrug-resistant TB (67%) and HIV/AIDS (60%), as well as extended hospital stays (150 days). We found a significant increase in DALYs of HIV/AIDS patients in Venezuela, specifically, 362.35 compared to 265.37 observed in Colombia during 2017. This study suggests that the Venezuelan massive migration and program underfunding might exacerbate the dual burden of TB and HIV in Colombia, especially towards the Colombian‐Venezuelan border.

The effect of carbohydrates on the adherence of Pasteurella multocida to the nasal respiratory epithelium

Gallego López, Carolina | 2021

Pasteurella multocida subsp. multocida is responsible for different diseases that generate great economic losses in farm animal. The effectiveness of immunization against those bacteria are variable and the use of antibiotics is questioned; for that reason, we investigated the potential inhibitory effect of different carbohydrates on the adherence in vivo of P. multocida to the rabbit respiratory epithelium as an alternative for the prevention of respiratory infections. Rabbits were intranasally and intratracheally inoculated with a solution containing 200 µl of 1x107 CFU of P. multocida that was previously mixed with 250 µg /200 µl of N-acetylglucosamine, alphamethylglucoside, alphamethylmannoside, N-acetylgalactosamine or sialic acid. The animals that received N-acetylglucosamine, alphamethylglucoside or alphamethylmannoside individually or a mixture of these three carbohydrates plus the bacterium, showed a signifi cant decrease (P <0.05) of the clinical symptoms, microscopic and macroscopic lesions in the nasal septa and in the lungs; also, the number of adhered bacteria to the nasal epithelium were also signifi cantly reduced. This research demonstrates for the fi rst time that such an approach could convert into a method for prevention of P. multocida infection in rabbits that is ecologically and economically safe and effective

Una avifauna en cambio: 26 años de conteos navideños en la Sabana de Bogotá, Colombia

Stiles, F. Gary | 2021

El Conteo Navideño de aves en la Sabana de Bogotá se realiza anualmente desde 1989. Presentamos los resultados de los primeros 26 años (1989–2014) para detectar cambios en la presencia y las abundancias de las especies de aves e intentar relacionarlos con cambios en el clima, la vegetación, las interacciones entre especies y las actividades humanas. Los conteos corresponden a 29 localidades clasificadas en terrestres, mixtas o acuáticas según la composición de sus avifaunas. En cuatro sitios comparamos los patrones de recambio de especies entre años sucesivos. Calculamos para cada especie el número de años y número de sitios de registro, así como el promedio de individuos observados por año de registro. Analizamos los cambios de abundancia a lo largo de los 26 años de todas las especies registradas en seis o más años mediante regresiones lineales. Registramos 234 especies de aves: 126 residentes permanentes, 43 residentes estacionales (migratorias boreales invernantes) y 65 visitantes; las residentes fueron más abundantes y registradas por más años y sitios. Contamos más especies en los sitios terrestres con bosques nativos conservados; en los sitios acuáticos registramos más individuos debido a las especies gregarias. En los sitios con bosques conservados, las especies cambiaron poco en años sucesivos mientras las tasas de recambio fueron más altas en un parque urbano grande y un humedal. En este período, 49 especies aumentaron en abundancia, 30 disminuyeron y 74 no cambiaron; casi todos los cambios de abundancia ocurrieron entre las residentes. Seis especies se establecieron como residentes mientras cuatro aparentemente desaparecieron. En el intervalo estudiado, las influencias del cambio climático y las acciones directas o indirectas del hombre parecen haber afectado a más especies, especialmente por obras en los humedales y la urbanización; la contaminación aérea urbana aumentó el calentamiento, posiblemente facilitando el establecimiento de algunas especies de elevaciones menores. Información de los años 1960s indica que desde ese tiempo el drenaje de muchos humedales afectó más a la avifauna; el cambio climático tuvo una menor influencia. Hacia el futuro, seguramente se intensificará el calentamiento global, llevando a desaparecer algunas especies más de las montañas locales mientras más especies de zonas cálidas podrían establecerse en la parte plana. En conclusión, resulta relevante monitorear las aves a largo plazo usando los conteos navideños. Presentamos algunas recomendaciones para los que están considerando iniciar conteos, y sugerencias para análisis de los datos para los que ya están haciendo esfuerzos de monitoreo similares.