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Análisis del ensamblaje de novo de transcriptoma del intestino de larvas y teleoginas rhipcephalus sanguineus lato sensu provenientes de diferentes regiones de la república de Colombia como un abordaje para identificar posibles candidatos vacunales

Tafur Gómez, Gabriel Andrés (Universidad de Ciencias Aplicadas y AmbientalesBogotá, 2020-11-30)

El abordaje del transcriptoma se presenta como una herramienta importante que permite identificar en el ARNm la expresión proteica, para de esa forma identificar transcriptos involucrados en procesos metabólicos de organismos ...
Análisis transcriptomico de larvas Rhipicephalus sanguineus sensu lato provenientes del norte, occidente y oriente de la República de Colombia - modalidad Investigación

Piñeros Avila, Marco Antonio (Universidad de Ciencias Aplicadas y AmbientalesFacultad de Ciencias AgropecuariasBogotá, 2022)

Las garrapatas pertenecientes al complejo de Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l) incluye especies distribuidas a nivel mundial consideradas vectores de agentes importantes que afectan a los seres humanos y animales. ...
Babesiosis en Australian Terrier : reporte de caso

Torres Martínez, Natalia (Bogotá : Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales, 2019Facultad de Ciencias AgropecuariasMedicina Veterinaria, 2019)

La Babesiosis es una enfermedad infecciosa que afecta a los vertebrados, entre ellos, al perro y al hombre. En Sudamérica la especie de mayor prevalencia en los caninos es Babesia canis vogeli transmitida por garrapatas ...
Genetic diversity and population structure of Rhipicephalus sanguineus sensu lato across diferent regions of Colombia

Páez‑Triana, Luisa; Muñoz, Marina; Herrera, Giovanny; Moreno-Perez, Darwin Andres; Tafur Gómez, Gabriel Andres; Montenegro, Diego; Patarroyo, Manuel-Alfonso; Paniz-Mondolfi, Alberto E.; Ramírez, Juan David (2021)

Background: There has been a long-standing debate over the taxonomic status of Rhipicephalus sanguineus sensu lato. Different studies worldwide have reported the occurrence of different well-defined lineages, in addition ...

Envíos recientes

Análisis del ensamblaje de novo de transcriptoma del intestino de larvas y teleoginas rhipcephalus sanguineus lato sensu provenientes de diferentes regiones de la república de Colombia como un abordaje para identificar posibles candidatos vacunales
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Tafur Gómez, Gabriel Andrés | 2020-11-30

El abordaje del transcriptoma se presenta como una herramienta importante que permite identificar en el ARNm la expresión proteica, para de esa forma identificar transcriptos involucrados en procesos metabólicos de organismos complejos. Este abordaje poco explorado en garrapatas Ixodidae, puede contribuir para identificar transcriptos vinculados a proteínas funcionales que puedan actuar como posibles dianas vacunales. Por consiguiente, el presente proyecto planteó realizar el estudio del transcriptoma total de las garrapatas Rhipicephalus sanguineus lato sensu provenientes de diferentes regiones de Colombia. Para este propósito se realizó el montaje de Colonias de las garrapatas colectadas que provenían de diferentes lugares de Colombia. Una vez se establecieron las colonias, se realizó el estudio filogénico a partir del DNA con la Universidad del Rosario y se extrajo el ARNm de las distintas colonias, el cual se cuantifico mediante Qubit y se analizó integralmente por el equipo de LabChip reflejando idoneidad para la secuenciación. Así, la secuenciación del transcriptoma de los distintos estadios se realizó empleando el kit rápido de MACE-seq (GenXpro GmbH, Germany) que se fundamentó en la secuenciación del extremo 3’ del ARNm empleando la plataforma NextSeq, que permitió detectar por cada lectura un transcripto. Las secuencias crudas fueron limpiadas de regiones mímicas y ensambladores de PCR. Así las lecturas resultantes fueron recortadas a partir de la región de poli adenina y se descartaron las lecturas de baja calidad. Las lecturas limpias fueron alineadas con el genoma funcional de la garrapata R. sanguineus (ASM1333969v1). Para esto, se realizó la anotación funcional del genoma a partir de regiones codificantes conocidas, que reposaban en el clúster de bioinformática del Bioinformatica Institute vinculado al Center for Tropical & Emerging Global Diseases de la University of Georgia- USA. Una vez realizada la anotación funcional del mismo, los perfiles de expresión de transcriptoma se alinearon al genoma empleando HISAT2, generando los hits de expresión por cada librería, los transcriptos se alinearon al genoma en un rango del 40%, posteriormente se normalizaron los transcriptos empleando DEssq2, se identificaron transcriptos sobre regulados de las distintas regiones al nivel de probabilidad de p ˂ 0.01, las secuencias de los transcriptos sobre regulados que se expresaron diferencialmente se predijeron a proteínas usando Genemark-ET. Las secuencias de proteínas se anotaron contra proteínas no redundantes empleando Blastp de OmicsBox las cuales permitieron identificar la expresión de proteínas únicas. Con las proteínas anotadas se anotaron los términos GO los cuales se analizaron de forma diferencial empleando el paquete TopGO que permitieron identificar los términos diferencialmente anotados al nivel de probabilidad del p ˂ 0.05. Así se concluye que el estudio del transcriptoma permitió identificar transcriptos importantes con funciones metabólicas en los distintos estadios de las garrapatas.

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Análisis transcriptomico de larvas Rhipicephalus sanguineus sensu lato provenientes del norte, occidente y oriente de la República de Colombia - modalidad Investigación
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Piñeros Avila, Marco Antonio | 2022

Las garrapatas pertenecientes al complejo de Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l) incluye especies distribuidas a nivel mundial consideradas vectores de agentes importantes que afectan a los seres humanos y animales. Entre sus características ecológicas, estas especies de garrapatas presentan una gran capacidad de dispersión, lo que lleva a una mayor densidad de población. Pocos estudios se centran en identificar la expresión génica en relación con las condiciones ecológicas y los estadios de desarrollo. Por consiguiente, este estudio busco realizar perfiles de expresion transcriptomico de garrapatas de cuatro regiones ecológicas de Colombia. Para establecer las colonias en el laboratorio se recolectaron teleóginas de perros infestados que se ubicaban en las diferentes regiones. Posteriormente, las larvas colonizantes (QL) (Questing larvae) y las larvas ingurgitadas (LE) desprendidas de conejos desafiados se colectaron y conservaron a -80°C. De estos ejemplares se extrajo el ARN total que se cuantifico con Qubit y analizó LabChip. El perfil de expresión génica de los estadios se realizó empleando el ARN extraído para secuenciar la porción del extremo 3' del ARNm mediante MACE-seq (Massive Analysis of cDNA Ends), en la plataforma NextSeq empleando el kit Rapid MACE-Seq (GenXPro GmbH, Alemania) siguiendo las instrucciones del fabricante. Así, se produjeron ocho bibliotecas de transcriptoma de las cuales se eliminaron las regiones duplicadas de PCR y los datos sin procesar. Las lecturas restantes se recortaron con poli (A) y se descartaron las lecturas de baja calidad. Las lecturas limpias se alinearon con el genoma de R. sanguineus (ASM1333969v1), se anotaron y se predijeron las proteínas generando los hits de expresión. Las bibliotecas se normalizaron y compararon entre QL y EL por cada región utilizando DEseq2. El análisis de expresión diferencial con un padj <0,05 evidencio 233 transcriptos significativos. El Blastp contra proteínas no redundantes mostró la anotación de proteínas que estaban involucradas en la función mitocondrial, obtención de energía en forma de ATP, degradación de carbohidratos y función ribosomal. Se identificaron términos GO asociados con la transcripción y traducción a proteínas, procesos asociados al metabolismo del nitrógeno y biosíntesis celular. Este enfoque revela un nuevo grupo de transcritos que se expresan en los estadios QL y EL de diferentes regiones ecológicas de Colombia.

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Babesiosis en Australian Terrier : reporte de caso
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Torres Martínez, Natalia | 2019

La Babesiosis es una enfermedad infecciosa que afecta a los vertebrados, entre ellos, al perro y al hombre. En Sudamérica la especie de mayor prevalencia en los caninos es Babesia canis vogeli transmitida por garrapatas del grupo Rhipicephalus sanguineus. Esta infección tiene un curso inaparente, moderado y en la fase clínica provoca lisis de los hematíes conduciendo a signos como palidez de las mucosas, fiebre, y letargo. Teniendo en cuenta que el cambio climático propicia la migración de vectores a zonas no endémicas, los cuales que pueden transmitir agentes como B. canis vogeli que generan una enfermedad que cursa con una sintomatología clínica inespecífica, la cual puede ser diferencial para otras patologías. Situación que convierte en un reto el diagnóstico clínico, en donde se deben interpretar correctamente las pruebas paraclínicas, así como se deben considerar las diferentes pruebas complementarias para un adecuado diagnóstico. Con el propósito de contribuir al conocimiento de esta enfermedad, por medio de un caso clínico presentado en Bogotá en el que se evidenciaron dificultades para llegar a un diagnóstico definitivo. El presente trabajo presenta los hallazgos del reporte de caso de un canino Australian Terrier infectado con Babesia canis vogeli con las complejidades que se presentaron para llegar a un diagnóstico definitivo y un adecuado tratamiento

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Genetic diversity and population structure of Rhipicephalus sanguineus sensu lato across diferent regions of Colombia
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Páez‑Triana, Luisa | 2021

Background: There has been a long-standing debate over the taxonomic status of Rhipicephalus sanguineus sensu lato. Different studies worldwide have reported the occurrence of different well-defined lineages, in addition to Rhipicephalus sanguineus sensu stricto. To date, there are very few studies examining the diverse aspects of this tick in Colombia. We assessed the population structure and genetic diversity of R. sanguineus s.l. in eight departmental regions across Colombia. Methods: A total of 170 ticks were collected from dogs in different departments of Colombia. All specimens were morphologically compatible with R. sanguineus s.l. and subjected to genetic analysis. DNA sequences were obtained for the 12S rDNA, cytochrome oxidase I (COI) and internal transcribed spacer 2 (ITS2) markers. A concatenated set of all mitochondrial markers was also constructed. Next, maximum likelihood phylogenetic trees were constructed using the sequences generated herein and sequences available in GenBank. Finally, we assessed different summary statistics and analysed population structure and divergence with Fst and Dxy and demographic changes with Tajima's D and Fu and Li’s statistical tests. Results: Analysis of the 12S rDNA and COI revealed that all R. sanguineus s.l. specimens collected across different regions of Colombia clustered within the tropical lineage. Micro-geographical analyses showed that the tick population from Amazonas formed a distinct cluster separated from the other sequences, with moderate Fst and Dxy values. However, no signs of a robust population structure were found within the country. The results of Fu’s FS tests, together with the haplotype networks and diversity values, signal a possible population expansion of this tick species in Colombia. Conclusions: Evidence provided herein supports the tropical lineage as the main circulating lineage in Colombia, exhibiting a general lack of genetic structure except for the Amazonas region

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Babesiosis en Australian Terrier : reporte de caso

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