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Análisis del ensamblaje de novo de transcriptoma del intestino de larvas y teleoginas rhipcephalus sanguineus lato sensu provenientes de diferentes regiones de la república de Colombia como un abordaje para identificar posibles candidatos vacunales

Tafur Gómez, Gabriel Andrés (Universidad de Ciencias Aplicadas y AmbientalesBogotá, 2020-11-30)

El abordaje del transcriptoma se presenta como una herramienta importante que permite identificar en el ARNm la expresión proteica, para de esa forma identificar transcriptos involucrados en procesos metabólicos de organismos ...
Comparación de tres métodos de extracción de ADN a partir de garrapatas duras (Acari: Ixodidae)

Guevara Vega, Marco; Vertel Morinson, Melba; Paternina, Luis Enrique (Bogotá : Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales, 2019, 2019-01)

Las garrapatas son el grupo de ectoparásitos de mayor relevancia en la transmisión de patógenos a los animales domésticos y a humanos. La detección de estos agentes, normalmente, se realiza por métodos basados en PCR y, ...
Intestinal changes and performance parameters in ticks feeding on calves immunized with subunits of immunogens against Rhipicephalus microplus

Tafur Gómez, Gabriel A.; Patarroyo Salcedo, Joaquín Hernán; Vargas, Marlene Izabel V.; Araújo, Leandro S.; Fidelis, Cintia F.; Prates Patarroyo, Pablo A.; Cortes Vecino, Jesus Alfredo; Portela, Ricardo Wagner (2020)

We describe the intestinal changes and biological parameters of the tick species Rhipicephalus microplus exposed to the immune response of calves vaccinated with two subunits of immunogens. The first group of Bos taurus ...

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Análisis del ensamblaje de novo de transcriptoma del intestino de larvas y teleoginas rhipcephalus sanguineus lato sensu provenientes de diferentes regiones de la república de Colombia como un abordaje para identificar posibles candidatos vacunales
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Tafur Gómez, Gabriel Andrés | 2020-11-30

El abordaje del transcriptoma se presenta como una herramienta importante que permite identificar en el ARNm la expresión proteica, para de esa forma identificar transcriptos involucrados en procesos metabólicos de organismos complejos. Este abordaje poco explorado en garrapatas Ixodidae, puede contribuir para identificar transcriptos vinculados a proteínas funcionales que puedan actuar como posibles dianas vacunales. Por consiguiente, el presente proyecto planteó realizar el estudio del transcriptoma total de las garrapatas Rhipicephalus sanguineus lato sensu provenientes de diferentes regiones de Colombia. Para este propósito se realizó el montaje de Colonias de las garrapatas colectadas que provenían de diferentes lugares de Colombia. Una vez se establecieron las colonias, se realizó el estudio filogénico a partir del DNA con la Universidad del Rosario y se extrajo el ARNm de las distintas colonias, el cual se cuantifico mediante Qubit y se analizó integralmente por el equipo de LabChip reflejando idoneidad para la secuenciación. Así, la secuenciación del transcriptoma de los distintos estadios se realizó empleando el kit rápido de MACE-seq (GenXpro GmbH, Germany) que se fundamentó en la secuenciación del extremo 3’ del ARNm empleando la plataforma NextSeq, que permitió detectar por cada lectura un transcripto. Las secuencias crudas fueron limpiadas de regiones mímicas y ensambladores de PCR. Así las lecturas resultantes fueron recortadas a partir de la región de poli adenina y se descartaron las lecturas de baja calidad. Las lecturas limpias fueron alineadas con el genoma funcional de la garrapata R. sanguineus (ASM1333969v1). Para esto, se realizó la anotación funcional del genoma a partir de regiones codificantes conocidas, que reposaban en el clúster de bioinformática del Bioinformatica Institute vinculado al Center for Tropical & Emerging Global Diseases de la University of Georgia- USA. Una vez realizada la anotación funcional del mismo, los perfiles de expresión de transcriptoma se alinearon al genoma empleando HISAT2, generando los hits de expresión por cada librería, los transcriptos se alinearon al genoma en un rango del 40%, posteriormente se normalizaron los transcriptos empleando DEssq2, se identificaron transcriptos sobre regulados de las distintas regiones al nivel de probabilidad de p ˂ 0.01, las secuencias de los transcriptos sobre regulados que se expresaron diferencialmente se predijeron a proteínas usando Genemark-ET. Las secuencias de proteínas se anotaron contra proteínas no redundantes empleando Blastp de OmicsBox las cuales permitieron identificar la expresión de proteínas únicas. Con las proteínas anotadas se anotaron los términos GO los cuales se analizaron de forma diferencial empleando el paquete TopGO que permitieron identificar los términos diferencialmente anotados al nivel de probabilidad del p ˂ 0.05. Así se concluye que el estudio del transcriptoma permitió identificar transcriptos importantes con funciones metabólicas en los distintos estadios de las garrapatas.

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Comparación de tres métodos de extracción de ADN a partir de garrapatas duras (Acari: Ixodidae)
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Guevara Vega, Marco | 2019-01

Las garrapatas son el grupo de ectoparásitos de mayor relevancia en la transmisión de patógenos a los animales domésticos y a humanos. La detección de estos agentes, normalmente, se realiza por métodos basados en PCR y, por ello, se requiere de la obtención de ácidos nucleicos, para la amplificación selectiva de dianas moleculares. El objetivo de la presente investigación fue comparar el desempeño de tres métodos de extracción de ADN, sales, columnas y tiocianato de guanidina, a partir de garrapatas, para estudios de detección de patógenos y sistemática molecular de garrapatas. Se realizaron comparaciones múltiples del desempeño de extracción sobre 30 muestras de garrapatas y se valoró la calidad del extracto de ADN, mediante la amplificación de un fragmento del gen mitocondrial 16S de garrapatas, con la utilización de la técnica de PCR. Además, se evaluó la presencia de patógenos de los géneros Rickettsia, Ehrlichia, Anaplasma y Babesia. El método con mayor desempeño en la extracción de ADN fue el basado en tiocianato de guanidina (mdnR=160ng/uL), seguido por columnas (mdnR=4,7ng/uL) y luego sales (mdnR=1,6ng/uL). Se presentaron diferencias estadísticas en el rendimiento de la extracción; no obstante, no existieron diferencias respecto al éxito de amplificación, mediante PCR, de acuerdo con el método de extracción (p=0,1173). No se detectaron patógenos rickettsiales o piroplasmas en ninguno de los extractos de ADN de garrapatas evaluados. Considerando el costo/beneficio de los métodos comparados, la utilización del método de sales puede facilitar la masificación de trabajos sobre la detección de patógenos que son transmitidos por garrapatas, en laboratorios de discreto presupuesto.

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Intestinal changes and performance parameters in ticks feeding on calves immunized with subunits of immunogens against Rhipicephalus microplus
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Tafur Gómez, Gabriel A. | 2020

We describe the intestinal changes and biological parameters of the tick species Rhipicephalus microplus exposed to the immune response of calves vaccinated with two subunits of immunogens. The first group of Bos taurus calves was immunized with a synthetic peptide (SBm7462), whereas the second group received an inoculum for synthetic control. The third group was immunized with a recombinant peptide (rSBm7462); an inoculum was injected into a fourth group of calves for recombinant control. Each formulation was administered to these calves during three times at intervals of 30 days. At 21 days after the last immunization, the calves were challenged using a total of 4500 larvae per animal. Indirect ELISA was realized to identify the kinetics of IgGs from samples of calves studied. Naturally detaching ticks were collected for analyses of biological performance and histological changes in the midgut. We dissected randomly detached ticks. The midgut of each of these ticks was removed and processed routinely for histology, stained with hematoxylin-eosin (H&E) and slow Giemsa. Slides were also subjected to immunohistochemistry. The antibody response showed significant induction of high-affinity IgGs in calves immunized with both peptides in comparison to calves of the control groups. Histological changes included damage of the intestinal epithelium in ticks fed on immunized hosts and intense immunostaining in midgut cells, using the serum of calves immunized with recombinant peptide. There were significant differences in all biological performing parameters of ticks detached from vaccinated calves in comparison with ticks of the control groups. We identified reductions of 87.7 and 93.5% in engorged ticks detached from calves immunized with a synthetic and recombinant peptides, respectively, a 28 and 8.60% lower egg mass in groups immunized with synthetic and recombinant peptides, respectively, and a 38.4% reduction of the value of nutrient index/tick in the group immunized with the recombinant peptide. Our findings show that the immune response induced by small peptides in cattle can modify the digestion and metabolism of ticks fed on vaccinated animals, resulting in changes in tick performance.

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Comparación de tres métodos de extracción de ADN a partir de garrapatas duras (Acari: Ixodidae)

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