Envíos recientes

Análisis evolutivo de la adhesión: evidencia de selección positiva operante sobre el locus AlpAB Y el gen horB de Helicobacter pylori

Gutiérrez Escobar, Andrés Julián | 2015-07

La adherencia es un proceso clave para la infección por He-licobacter pylori, regulada por la expresión coordinada de adhesinas. Dentro de este grupo encontramos las proteínas AlpA/B y HorB que, recientemente, han llamado la atención de la comunidad científica, por su papel en el fitness de la bacteria. El objetivo del presente estudio fue describir la his-toria evolutiva de AlpA/B y HorB, desde un enfoque filogeo-gráfico. Para este fin, se descargaron secuencias específicas para AlpA, AlpB y HorB desde Uniprot y fueron analizadas en Muscle, Mega 5.1, PhyML 3.0.1, DNAsp 5.0 y PAML 4.5. En este estudio, se identificó que los genes alpA, alpB y horB siguen un modelo evolutivo de nacimiento y de muerte de genes, bajo selección purificadora. Además, se detectaron patrones de diferenciación genética significativos para alpA, entre las poblaciones de América-Europa (FsT 0,51395) y de Europa-Asia (FsT 0,46030) y para alpB, entre las pobla-ciones de América-Europa (FsT 0,43711), datos soportados por la prueba McDonald y Kreitman. Seguidamente, me-diante la herramienta PAML 4.5, se detectó que un 9,51% de la proteína AlpA, un 8,5% de la proteína AlpB y un 5% de la proteína HorBestán bajo selección positiva, determinando la presencia de linajes selectivos de H. pylori para zonas geo-gráficas específicas, que favorecen la adherencia al hospede-ro. Finalmente, se concluye que los genes codificantes para las adhesinas AlpAB y HorB tienen procesos de adaptación locales correlacionados con los orígenes filogeográficos de las cepas analizadas.

Análisis topológico del interactoma de Helicobacter pylori revela proteínas topológicamente esenciales: identificación de blancos terapéuticos

Gutiérrez E., Andrés Julián | 2014-01

La Helicobacter pylori ha colonizado la mitad de la población mundial; su infección presenta una prevalencia del 70% al 90% en países en vía de desarrollo y del 25% al 50% en países industrializados. Está establecido que la infección se asocia con el desarrollo de gastritis crónica, úlcera gástrica y duodenal y con cáncer de estómago en el humano. Helicobacter pylori fue la primera bacteria patógena para la cual se dedujo el interactoma y por análisis topológicos se identificaron 702 proteínas involucradas en 1359 interacciones con una cobertura del 97,7% con escala libre; es decir, que el interactoma contiene proteínas topológicamente esenciales. Sin embargo, dichas proteínas y sus asociaciones fisiológicas no han sido descritas, perdiendo de esta manera la posibilidad de identificar posibles blancos terapéuticos. Con el objetivo de identificar proteínas topológicamente esenciales se realizó una reconstrucción del interactoma de la cepa H. pylori ATCC 26695 empleando los complementos BioNetBuilder y NetworkAnalyzer de Cytoscape y la aplicación web cytoHubba. La reconstrucción presentó 896 proteínas y 2416 interacciones con una cobertura del 96% del proteoma ajustada a la distribución de ley de potencias, es decir, presentó escala libre. Usando NetworkAnalyzer y la aplicación Hubba se identificaron proteínas esenciales según los parámetros K y BC; con las que se construyó una subred. El análisis de esta subred mostró que el sistema de secreción tipo IV interactúa con subsistemas metabólicos de lípidos, aminoácidos y ácidos nucleicos por medio de proteínas, para las cuales esta interacción no había sido sugerida. Además, estas interacciones son explicables por perfiles de expresión dependientes del pH, adhesión y homeostasis del hierro; lo cual permite complementar tanto la biología básica de la cepa como postular nuevos blancos terapéuticos putativos.

Biopelícula: un mecanismo de supervivencia de Helicobacter pylori

Bayona Rojas, Martín Alonso | 2013-07

Helicobacter pylori is a pathogen which colonizes the human stomach and is associated with multiple gastrointestinal diseases. Metabolism occurs within a biofilm which is a complex exopolysaccharide that allows the bacterium to survive in hostile environments and be resistant to the action of antibiotics, since it prevents complete penetration of these compounds. The present review was designed to perform an update on the importance of the biopolymer regarding the survival of the bacteria and show its public health significance.

Cag pathogenicity island of Helicobacter pylori and its association to preneoplastic lesions and gastric cancer

Cristancho Líevano, Felipe | 2018-07

El cáncer gástrico es una de las principales causas de muerte por cáncer en el mundo y la infección con Helicobacter pylori es uno de los principales factores de riesgo, asociados a su aparición. H. pylori es una bacteria que coloniza la mucosa gástrica, infectando alrededor de la mitad de la población mundial. Los efectos patológicos ocasionados por la infección con H. pylori dependen, en buena parte, de un sistema de secreción tipo IV, codificado en el islote de patogenicidad cag (cagPAI). En esta revisión, se describe la composición del cagPAI, la alteración de las vías de señalización celular mediadas por el cagPAI, que regulan respuestas celulares oncogénicas, que pueden incrementar el riesgo de transformación maligna asociada a la infección y la importancia de los polimorfismos en genes del cagPAI, como posibles marcadores de progresión a cáncer gástrico.

Capsula Informática

| 2015

Determinación de las condiciones para el desarrollo de un cepario de Helicobacter pylori aislado de biopsias gástricas de pacientes diagnosticados con gastritis, úlcera péptica, cáncer gástrico y persona asintomática infectada en dos instituciones de salud en Bogotá-Colombia 2012-2013

Amarillo Camargo, Diana Marcela | 2014

El Helicobacter pylori es una bacteria que se estima infecta entre el 50% y 70% de la población general en países en vía de desarrollo. En Colombia la prevalencia es 69,1%, siendo Tunja y Manizales ciudades con mayor prevalencia; actualmente se conoce la relación patogénica de la bacteria con gastritis, ulcera péptica e incluso cáncer gástrico. En Colombia las cepas encontradas son hpEurope o hpAfrica. Actualmente se ha documentado resistencia antibiótica lo que requiere aumentar los recursos para investigaciones. Se elaboro un protocolo de laboratorio a partir del acompañamiento de 80 endoscopias de vías digestivas altas, se aplicaron criterios de selección y se solicito consentimiento informado se tomaron 30 biopsias. La frecuencia de diagnostico fue: 22 gastritis, 1 ulcera péptica, 3 cáncer gástrico y 4 personas asintomáticas. En cuanto a la efectividad de aislamiento 20 fueron compatibles con Helicobacter pylori con ureasa, catalasa y oxidasa positivas adicionalmente la tinción de Gram fue compatible con la bacteria. Finalmente se seleccionaron 5 aislamientos y se realizo cinética de crecimiento, este crecimiento fue analizado mediante: Prueba de Friedman (Chi-cuadrado critico 7.82, Chi-cuadrado calculado 16.2), Prueba de Wilxocon (Z critico Z 1.96, calculado -2,21) y prueba U de Mann-Whitney (U crítico 1.23 y U calculado 5.42) El presente estudio mostro que las condiciones microbiológicas y operativas utilizadas en el protocolo son idóneas para el óptimo aislamiento del Helicobacter pylori, también se documento que el crecimiento de las bacterias comparadas en general y por rangos es diferente entre las cepas e incluso entre patologías.

Draft genome sequence of a Helicobacter pylori strain isolated from a patient with diffuse gastritis from a region of high cancer risk in Colombia

Gutiérrez Escobar, Andrés J. | 2016

Helicobacter pylori is a Gram-negative microaerophilic bacterium. It has been estimated that it colonizes half of the human population (1, 2). The prevalence of the infection correlates with the socioeconomic status of the populations studied, more frequently affecting developing rather than developed countries (3). The infection is associated with the development of chronic gastritis, gastric ulcer, and stomach cancer (4), although in most cases the infection persistsin the gastric mucosa without affecting the individual’s health (5). In this communication, we present the genome sequence of the strain Col2025. This strain was isolated from a 36-year-old man diagnosed with diffuse antral gastritis from Tibaná, Boyacá, a region with high gastric cancer risk in Colombia (6). Interestingly, neither CagA phosphorylation nor interleukin 8 (IL-8) secretion was detected when the strain Col2025 was cultured with AGS cells. To obtain a genome sequence, 1 g of DNA was fragmented by Covaris, and the fragments were repaired by attaching an A to the 3= end. Illumina adaptors were ligated to the fragments and selected for sizes between 400 and 500 bp. The size-selected fragments were amplified by PCR and the final products validated in an Agilent Bioanalyzer. The short reads were assembled using SOAPdenovo (7). Finally, the sequences were annotated in GenBank using the NCBI Prokaryotic Genomes Automatic Annotation Pipeline (PGAAP) according to the submission guidelines (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomesubmit.html). Overall, this whole-genome shotgun sequencing revealed the following data: scaffolds, 54; contigs, 73; N50, 60,455; L50, 9; genome size, 1.64; GC content, 38.9%; proteins, 1,451; rRNAs, 3; tRNAs, 36; genes, 1,543; pseudogenes, 52. This genome and others sequenced using strains isolated in Colombia (8, 9) will be the basis for evolutionary computational studies. Nucleotide sequence accession number. This whole-genome shotgun project has been deposited in DDBJ/ENA/GenBank under the accession no.

Helicobacter pylori in water sources and food products: A constant public health problem

Delgado Carreño, C. V. | 2018

Helicobacter pylori is a curved, microaerophilic, multi-flaked, Gram-negative bacillus associated with different gastrointestinal disorders. It´s still a relevant issue in public health due to several scientific investigations that are being carried out in different subjects as, virulence factors, ecosystem interactions, immune response, eradication strategies and Pathogen Transmission Routes in food and water sources. The present review included the association between food, water sources and H. pylori, also, the importance of promoting preventive measures for this pathogen transmission, such as the improvement of the living conditions of families and good hygienic practices in the preparation of food, to prevent the infection by this pathogen, considering, that food and drinking water has always played a very important role as vectors of this pathogen.

Inhibición del crecimiento In vitro de Helicobacter Pylori por medio de extracto de Vaccinium Macrocarpon (Arándanos Americanos)

Buitrago Maldonado, Brayan Andrés | 2016

Helicobacter pylori es un bacilo Gram negativo al cual se le asocia con enfermedades del tracto digestivo como la gastritis crónica, ulcera péptica, linfoma MALT (Tejido linfoide asociado a mucosas) y el adenocarcinoma gástrico. Se estima que el 50% de la población mundial está infectada por H. pylori. Es reconocido como el causal del 75% de los casos de cáncer gástrico, razón por la cual la OMS lo ha catalogado como carcinógeno tipo I. Se han documentado tasas de resistencia a metronidazol del 70% y a claritromicina del 20% lo cual hace necesaria la aplicación de nuevas alternativas terapéuticas. Objetivo: Determinar el efecto antimicrobiano in vitro de Vaccinium macrocarpon sobre una cepa de Helicobacter pylori aislada en población colombiana. Materiales y Métodos: Se emplearon dos cepas de H. pylori, una de referencia ATCC® 43504TM, la segunda obtenida de un paciente con patología gastroduodenal (53103). Se realizó el cultivo en agar base Columbia y Tripticasa de Soya cada uno suplementado con 6% de sangre fresca desfibrinada de bovino, Isovitalex 1%, suplemento selectivo DENT. Mediante la técnica de inhibición por sensidisco se dispuso por separado tres presentaciones de arándanos rojos en los medios de cultivo. Se llevó a incubación en condiciones de microaerofilia por 5 días y se procedió a la lectura de los resultados. Resultados: No se observó halo de inhibición en ninguna de las placas de los grupos experimentales para ATCC y 52103. Conclusiones: Los resultados de la presente investigación no permitieron evidenciar un efecto antibacteriano in vitro del extracto de Vaccinium macrocarpon sobre H. pylori. Consideramos que se debe al efecto reportado por otros autores dado que se propone una inhibición en la adhesión bacteriana a la mucosa gástrica, lo cual no es evaluable mediante la técnica empleada en el presente trabajo.

Microbiological conditions for culturing Helicobacter Pylori

Bayona Rojas, Martín Alonso | 2013-01

Early diagnosis and culturing of Helicobacter pylori are of great importance for the study of the growth characteristics of these bacteria which can contribute to knowledge of classical and molecular epidemiology, genetic diversity and susceptibility to antibiotics. The ubiquity and importance of this pathogen throughout the world has forced us to consider and propose effective routine alternatives for isolating and identifying these bacteria in microbiology laboratories. This review was conducted to describe the literature concerning the conditions for cultivation of this organism in the laboratory.

Molecular evolution of the VacA p55 binding domain of Helicobacter pylori in mestizos from a high gastric cancer region of Colombia

Gutiérrez Escobar, Andrés J. | 2019

The stomach bacterium Helicobacter pylori is one of the most prevalent pathogens in humans, closely linked with serious diseases such as gastric cancer. The microbe has been associated with its host for more than 100,000 years and escorted modern humans out of Africa. H. pylori is predominantly transmitted within families and dispersed globally, resulting in distinct phylogeographic patterns, which can be utilized to investigate migrations and bioturbation events in human history. Latin America was affected by several human migratory waves due to the Spanish colonisation that drastically changed the genetic load and composition of the bacteria and its host. Genetic evidence indicates that independent evolutionary lines of H. pylori have evolved in mestizos from Colombia and other countries in the region during more than 500 years since colonisation. The vacuolating cytotoxin VacA represents a major virulence factor of the pathogen comprising two domains, p33 and p55, the latter of which is essential for binding to the host epithelial cell. The evolution of the VacA toxin in Colombia has been strongly biased due to the effects of Spanish colonization. However, the variation patterns and microevolution of the p55 domain have not yet been described for this population. In the present study, we determined the genetic polymorphisms and deviations in the neutral model of molecular evolution in the p55 domain of 101 clinical H. pylori isolates collected in Bogotá, a city located in Andean mountains characterized by its high gastric cancer risk and its dominant mestizo population. The microevolutionary patterns of the p55 domain were shaped by recombination, purifying and episodic diversifying positive selection. Furthermore, amino acid positions 261 and 321 in the p55 domain of VacA show a high variability among mestizos clinical subsets, suggesting that natural selection in H. pylori may operate differentially in patients with different gastric diseases.

Phylogenomics of Colombian Helicobacter pylori isolates

Gutiérrez-Escobar, Andrés Julián | 2017

Background During the Spanish colonisation of South America, African slaves and Europeans arrived in the continent with their corresponding load of pathogens, including Helicobacter pylori. Colombian strains have been clustered with the hpEurope population and with the hspWestAfrica subpopulation in multilocus sequence typing (MLST) studies. However, ancestry studies have revealed the presence of population components specific to H. pylori in Colombia. The aim of this study was to perform a thorough phylogenomic analysis to describe the evolution of the Colombian urban H. pylori isolates. Results A total of 115 genomes of H. pylori were sequenced with Illumina technology from H. pylori isolates obtained in Colombia in a region of high risk for gastric cancer. The genomes were assembled, annotated and underwent phylogenomic analysis with 36 reference strains. Additionally, population differentiation analyses were performed for two bacterial genes. The phylogenetic tree revealed clustering of the Colombian strains with hspWestAfrica and hpEurope, along with three clades formed exclusively by Colombian strains, suggesting the presence of independent evolutionary lines for Colombia. Additionally, the nucleotide diversity of horB and vacA genes from Colombian isolates was lower than in the reference strains and showed a significant genetic differentiation supporting the hypothesis of independent clades with recent evolution. Conclusions The presence of specific lineages suggest the existence of an hspColombia subtype that emerged from a small and relatively isolated ancestral population that accompanied crossbreeding of human population in Colombia.

Prevalencia de coinfección por enteroparásitos y helicobacter pylori en población de 0 a 5 años de edad en el municipio de acacias meta, en el período 2018-II /2019-I

Avila Cubides, Laura Victoria | 2020

Las infecciones por parásitos intestinales establecen un importante problema de salud por sus altas tasas de prevalencia y amplia distribución a nivel mundial. El objetivo determinar la prevalencia de coinfección por enteroparásitos y Helicobacter pylori en relación a variables sociodemográficas, higiene personal y hábitos alimenticios en un centro de desarrollo infantil situado en el municipio Acacias-Meta.Se realizo un estudio de tipo observacional descriptivo durante el período 2018-II y 2019-I dónde se realizo una encuesta acerca de factores de riesgo para enteroparásitosis y H.pylori a 90 niños y niñas de 0 a 5 años, cada muestra de materia fecal fue analizada por medio del exámen fresco con lugol parasitológico y prueba rápida del antígeno de H. pylori. Se obtuvo 8 niños parasitados, lo que representa una prevalencia general de enteroparásitos de 8,8% Asi mismo, se obtuvo que 15 niños presentan H. pylori que representa una prevalencia general de 16,6%. Con respecto a la coinfección de enteroparásitos y H. pylori se obtuvo que 3 niños presentan en su organismo parásitos intestinales y la bacteria H. pylori lo que equivale una prevalencia de 3,3%. El consumo de agua no potable, estrato socioeconómico, las características del piso de la vivienda, el caminar descalzo y el lavado de manos fueron las cinco variables mas representativas con el resultado parasitológico y bacteriano, que constituyen un contexto favorable para la elevada existencia de las enfermedades parasitarias intestinales y bacterianas.

Prevalencia del helicobacter pylori y el estrés en estudiantes de medicina de la U.D.C.A

Cardoso Charry, Jonathan Stephen | 2016

Helicobacter pylori, es un bacilo Gram negativo que tiene forma de espiral, este ha colonizado la mucosa gástrica (6). El 91% de estudiantes de Medicina han padecido estrés que se manifiesta con tensión por días y en algunos casos llega a presentar estado de tensión patológica por meses, el estudio del estrés se torna importante ya que ha venido en aumento, (7, 8,9). El estrés produce disminución en la respuesta del sistema inmunológico esto puede conllevar a la vulnerabilidad para aumento de la colonización por diversos microorganismos (8) ; en este caso, y basados en un estudio realizado en Lima Perú, donde describen mayor estrés en estudiantes de medicina de primer año (10) debido a esto, es importante identificar el comportamiento de la presencia de H. pylori dependiendo el puntaje de estrés, para ello, se evaluaron 23 estudiantes de segundo semestre por medio del inventario Sisco, teniendo el puntaje de estrés que presentan, se divide la población en dos grupos, de 6 cada uno, paso seguido se realiza un examen coprológico donde se detectan antígenos de H. pylori en heces, se encontró un comportamiento hacia presentar resultados positivos para H. pylori en las personas con mayor estrés, lo cual ya muestra una tendencia que apunta a una posible relación causal entre estos dos. Con este proyecto se quiso describir la presencia de H. pylori dependiendo el puntaje para estrés, al momento de analizar los resultados encontrados, se abre la posibilidad de realizar un estudio similar con mayor población para identificar relación causal entre estos dos factores.

Rapid evolution of the Helicobacter pylori AlpA adhesin in a high gastric cancer risk region from Colombia

Gutiérrez Escobar, Andrés Julián | 2018

To be able to survive, Helicobacter pylori must adhere to the gastric epithelial cells of its human host. For this purpose, the bacterium employs an array of adhesins, for example, AlpA. The adhesin AlpA has been proposed as a major adhesin because of its critical role in human stomach colonization. Therefore, understanding how AlpA evolved could be important for the development of new diagnostic strategies. However, the genetic variation and microevolutionary patterns of alpA have not been described in Colombia. The study aim was to describe the variation patterns and microevolutionary process of alpA in Colombian clinical isolates of H. pylori. The existing polymorphisms, which are deviations from the neutral model of molecular evolution, and the genetic differentiation of the alpA gene from Colombian clinical isolates of H. pylori were determined. The analysis shows that gene conversion and purifying selection have shaped the evolution of three different variants of alpA in Colombia.

Relación entre los factores de riesgo y la prevalencia de infección de enteroparásitos y Helicobacter pylori en población indígena de 0 a 5 años en el municipio de Puerto Gaitán – Meta, para el periodo 2018 II y 2019 - I

Rozo García, Andrea Catalina | 2021

Introducción: Las infecciones por microrganismos son producidas por diferentes agentes, cuyo hábitat natural es el aparato digestivo del hombre. Aunque en Colombia a pesar del control de los niveles de infección, aún se continúan presentando infecciones masivas. Metodología: Por encuestas realizadas a los padres de los menores de edad, fueron evaluadas las variables socio-demográficas y socio-sanitarias para evaluar los factores de riesgo. Para el estudio coprológico se recolectó por cada niño muestras de materia fecal obtenidas por evacuación espontánea. El análisis de las heces se realizó mediante un examen coprológico directo seriado con coloración de Lugol al 1% y prueba rápida para antígenos fecales de Helicobacter pylori. Resultados: Se encontró que el 51% de las personas estaban parasitadas de los cual la que predomino fue la infección por Giardia lambia seguida por infección por Helicobacter pylori y una combinación de infección con las dos infecciones predominantes. Conclusión: Se presenta una relación entre los factores de riesgo y la presencia de infección por microorganismos, teniendo mayor prevalencia la infección Giardia lamblia y Helicobacter pylori por condiciones socio-demográficas y sanitarias son predisponentes para la infección por microrganismos.

La Vida Resiste en el Río

| 2015