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Genetic evaluations in cattle using the single-step genomic best linear unbiased predicto

Amaya Martínez, Alejandro | 2020

Conventional genetic evaluations have been framed on estimated breeding values from equation systems of mixed models that consider simultaneously random and fixed effects. Recently, the development in genome sequencing technologies has allowed obtaining genomic information to include in genetic evaluations in order to increase the accuracy and genetic progress, and decrease the generation interval. The single-step best linear unbiased predictor is a methodology developed in the last years and accepts including genomic information replacing the genomic relationship matrix by a matrix that combines relationship by pedigree, and the genomic relationship of a genotyped population, allowing the estimation of breeding values for non-genotyped animals. The aim of this review article was to describe the methodology and its recent progress, as well as to know some of the strategies that could be used when the number of genotyped animals is low

Genetic parameters for growth and reproduction in Simmental cattle from pedigree and genomic relationship

Amaya, Alejandro M. | 2020

Objetivo. Estimar parámetros genéticos para peso a los ocho meses de edad (W8M), edad al primer parto (AFC) y primer intervalo entre partos (FCI) usando parentesco genómico y por pedigrí. Materiales y métodos. Se utilizaron 481, 3063 y 1098 registros fenotípicos para W8M, AFC y FCI, respectivamente. La información genómica estuvo compuesta por una población de 718 animales genotipados con un chip que incluyó 30106 marcadores genéticos tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP). Modelos univariado y bivariado fueron construidos bajo la metodología del mejor predictor lineal insesgado convencional (BLUP) y genómico en una etapa (ssGBLUP). Resultados. Las heredabilidades para W8M, AFC y FCI variaron desde 0.25 a 0.26, 0.20 a 0.22 y 0.04 a 0.08, respectivamente. Los modelos de AFC y FCI con la metodología ssGBLUP disminuyeron ligeramente el error y aumentaron la varianza genética aditiva, respectivamente. Conclusiones. La inclusión de información genómica mejora levemente la precisión de las estimaciones genéticas en esta población. Sin embargo, una población de animales genotipados más grande y con mayor conectividad genética por parentesco permitiría aumentar para los criadores el potencial de la metodología ssGBLUP en ganado Simmental de Colombia.

Implementación de códigos de barras genéticos en un probiótico microbiano. Reporte de caso

Pulido-Blanco, Víctor Camilo | 2020-07

Investigación Bioquímica de Proteínas (INBIOPROT): Informe de actividades 2021-I

Rincón Cortés, Clara Andrea | 2021-06-24

Linkage disequilibrium, population stratification and patterns of ancestry in simmental cattle

Amaya, Alejandro | 2020

El uso masivo de pocos toros en programas de inseminación artificial afecta la composición y la estructura genética de una población. El objetivo de este estudio fue estimar la diversidad genética, estratificación genética, patrones de ancestría y el desequilibrio de ligamiento en ganado Simmental. Una muestra de 233 animales genotipados con 30106 marcadores tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP) fue usada. Los patrones de subdivisión genética y ancestría fueron estimados a través de análisis de componentes principales y probabilidades de asignación a grupos genéticos. El desequilibrio de ligamiento fue estimado como el cuadrado del coeficiente de correlación entre los SNP. El análisis por componentes principales no mostró patrones de subdivisión genética dentro de la población Simmental de Colombia. Sin embargo, el análisis de ancestría identificó una subdivisión genética de de tres grupos. Un valor de 0.3 para desequilibrio de ligamiento fue encontrado a una distancia de 33 kb. Los resultados permiten evidenciar el cambio en la estructura genética de una población debido al uso e importación de material genético proveniente de poblaciones que difieren en objetivos de cría y criterios de selección.

Semillero de Investigación e Innovación Investigación Bioquímica de Proteínas (INBIOPROT) 2021- II

Rincón Cortés, Clara Andrea | 2022-01-31

El Semillero de Investigación e Innovación INBIOPROT Investigación Bioquímica de Proteínas, presenta las actividades realizadas en el periodo 2021-2, mencionando los resultados obtenidos, el estado de avance y las limitaciones en el desarrollo de su plan de trabajo