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Análisis bioinformático comparativo de la endolisina LysGH15 con otras endolisinas relacionadas

Corredor Chavarro, Laura; Puerto Pérez, Cristian Leonardo (Bogotá : Corporación Tecnológica de Bogotá, 2018Facultad de CienciasTecnología de Regencia en Farmacia, 2018-08)

In the present project a comparative bioinformatic study of the endolysin LysGH15 encoded by bacteriophage GH15 and related endolysins used as an alternative in the treatment of bacterial infections resistant to antibiotics ...
Biodiversidad y Sostenibilidad Ambiental: Informe de actividades 2021-I

Romero Duque, Luz Piedad; Córdoba Córdoba, Sergio; García, Erika (Universidad de Ciencias Ambientales y Aplicadas U.D.C.ABogotá, 2021-06-23)

Se continuó con la dirección de tres trabajos de grado de estudiantes dos del programa Profesional en Ciencias Ambientales y otro de la Universidad de Granada, España. Se retomó la dirección de un proyecto de estudiante ...
Computational analysis of 1,3-propanediol operon transcriptional regulators: Insights into Clostridium sp. glycerol metabolism regulation

Barragán, Carlos Eduardo; Gutiérrez Escobar, Andrés Julián; Montoya Castaño, Dolly (2015)

We designed a strategy for the sequencing and bioinformatical characterization of the 1,3-propanediol operon regulator genes from the Colombian Clostridium sp. strain IBUN13A, which is taxonomically related to Clostridium ...
Predicción de la actividad de la toxina Tma2 del veneno de escorpión Tityus macrochirus sobre canales iónicos de sodio presentes en las células cancerosas de cuello uterino

Macias Pérez, María Alejandra (Universidad de Ciencias Aplicadas y AmbientalesFacultad de CienciasBogotá, 2022)

El cáncer de cuello uterino es el cáncer con mayor incidencia en las mujeres a nivel mundial, los tratamientos convencionales incluyen quimioterapia y radioterapia; sin embargo, la resistencia adquirida a los fármacos ...
Semillero en Química Teórica y Computacional_(SiquUTeCo) 2022-2

Moreno Rodríguez, Diego Vicente (Universidad de Ciencias Aplicadas y AmbientalesBogotá, 2023-01-30)

En el semillero se generan fuertes enlaces con la actividad de investigación generando apropiación de la que hacer como químico, permitiendo a los estudiantes generar pertenencia con la institución y con su carrera. También ...

Envíos recientes

Análisis bioinformático comparativo de la endolisina LysGH15 con otras endolisinas relacionadas
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Corredor Chavarro, Laura | 2018-08

In the present project a comparative bioinformatic study of the endolysin LysGH15 encoded by bacteriophage GH15 and related endolysins used as an alternative in the treatment of bacterial infections resistant to antibiotics was carried out. The study was performed using bioinformatics tools such as GenBank used to obtain the amino acid sequence, to establish the biochemical parameters of the LysGH15 endolysin, the tool ProtParam of the ExPASy was used and, in regard to the structures of the endolysins, they were downloaded from Protein Data Bank .For the superposition of the structures the bioinformatic tool Raptor X was used. While, the multiple sequence alignment was performed with MAFFT. From the in silico comparison it was obtained that LysGH15 shows similarities in its sequence and catalytic residues (CYS54, HIS117 and ASP56) with LysK. While with the other endolysins only share some regions in their sequence and present variations in their structure

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Biodiversidad y Sostenibilidad Ambiental: Informe de actividades 2021-I
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Romero Duque, Luz Piedad | 2021-06-23

Se continuó con la dirección de tres trabajos de grado de estudiantes dos del programa Profesional en Ciencias Ambientales y otro de la Universidad de Granada, España. Se retomó la dirección de un proyecto de estudiante de Ciencias ambientales y se dio inicio a un cuarto proyecto de otra estudiante de Ciencias Ambientales

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Computational analysis of 1,3-propanediol operon transcriptional regulators: Insights into Clostridium sp. glycerol metabolism regulation
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Barragán, Carlos Eduardo | 2015

We designed a strategy for the sequencing and bioinformatical characterization of the 1,3-propanediol operon regulator genes from the Colombian Clostridium sp. strain IBUN13A, which is taxonomically related to Clostridium butyricum. Three genes are proposed to be involved in the operon’s transcriptional activity, the dhaS and dhaA genes through a two-component system and the third gene named dhaY, which encodes a putative transcriptional regulator similar to the domains of the dhaS/A system. Phylogenetic analyses indicated that the predicted proteins had a modular structure consisting of domains homologous to different signal transduction systems, but had significant differences concerning their conserved residues, pointing to the possibility that they constitute ancestral domains. In accordance with the prediction of functions, we propose a mechanism of regulation of the proteins studied of the 1,3-propanediol operon of the native strain, as a response to the presence of glycerol in the medium, which provides valuable information on the overall regulation of the glycerol metabolism in Clostridium sp.

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Predicción de la actividad de la toxina Tma2 del veneno de escorpión Tityus macrochirus sobre canales iónicos de sodio presentes en las células cancerosas de cuello uterino
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Macias Pérez, María Alejandra | 2022

El cáncer de cuello uterino es el cáncer con mayor incidencia en las mujeres a nivel mundial, los tratamientos convencionales incluyen quimioterapia y radioterapia; sin embargo, la resistencia adquirida a los fármacos empleados es un factor limitante para el éxito del tratamiento. Por esta razón, se ha tenido el interés de identificar de manera in silico una alternativa a estos tratamientos convencionales, mediante el estudio de la toxina Tma2 la cual, actúa sobre canales de sodio. Este estudio pretende realizar la predicción de la actividad de la toxina Tma2 del veneno de escorpión Tityus macrochirus sobre canales iónicos de sodio presentes en las células cancerosas del cuello uterino; mediante el uso de herramientas bioinformáticas; en primer lugar, se realizó la caracterización estructural donde se encontró que esta estructura está compuesta en su totalidad por hojas plegadas beta y random coil, posteriormente se llevó a cabo modelamiento tridimensional del péptido el cual, según los parámetros obtenidos en el análisis como: puntaje GMQE (Estimación de la calidad del modelo global) = 0,70; QMEANDisCo = 0,67; puntuación de MolProbity = 2,46; favorabilidad de Ramachandran = 80,0%, indican que la estructura proteica obtenida en SwissModel es de calidad intermedia. Posteriormente se realizó el acoplamiento molecular utilizando HADDOCK donde se obtuvieron 9 agrupamientos que representan el 69% de los modelos refinados con agua de los cuales, se seleccionó el agrupamiento 1 como acoplamiento de trabajo debido a que presentaba mejores puntuaciones en HADDOCK respecto a los demás; a este agrupamiento se le determinaron las interacciones mediante Biovia Discovery Studio donde se obtuvo un buen porcentaje de interacciones hidrofóbicas con un 50%, lo cual demuestra que las interacciones presentes son favorables para que se pueda dar una inhibición mediante la despolarización de la partícula de inactivación que se encuentra presente en el canal, bloqueando el paso del sodio a través de este.

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Semillero en Química Teórica y Computacional_(SiquUTeCo) 2022-2
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Moreno Rodríguez, Diego Vicente | 2023-01-30

En el semillero se generan fuertes enlaces con la actividad de investigación generando apropiación de la que hacer como químico, permitiendo a los estudiantes generar pertenencia con la institución y con su carrera. También les permite crear cercanía con problemas de índole ambiental y de salud humana.

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