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Análisis evolutivo de la adhesión: evidencia de selección positiva operante sobre el locus AlpAB Y el gen horB de Helicobacter pylori

Gutiérrez Escobar, Andrés Julián (Bogotá : Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales, 2013, 2015-07)

La adherencia es un proceso clave para la infección por He-licobacter pylori, regulada por la expresión coordinada de adhesinas. Dentro de este grupo encontramos las proteínas AlpA/B y HorB que, recientemente, han ...
Biopelícula: un mecanismo de supervivencia de Helicobacter pylori

Bayona Rojas, Martín Alonso; Gutiérrez Escobar, Andrés Julián (Bogotá : Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales, 2013, 2013-07)

Helicobacter pylori is a pathogen which colonizes the human stomach and is associated with multiple gastrointestinal diseases. Metabolism occurs within a biofilm which is a complex exopolysaccharide that ...
Computational analysis of 1,3-propanediol operon transcriptional regulators: Insights into Clostridium sp. glycerol metabolism regulation

Barragán, Carlos Eduardo; Gutiérrez Escobar, Andrés Julián; Montoya Castaño, Dolly (2015)

We designed a strategy for the sequencing and bioinformatical characterization of the 1,3-propanediol operon regulator genes from the Colombian Clostridium sp. strain IBUN13A, which is taxonomically related to Clostridium ...
Interactome Analysis of Microtubule-targeting Agents Reveals Cytotoxicity Bases in Normal Cells

Gutiérrez Escobar, Andrés Julián; Méndez Callejas, Gina (2017)

Cancer causes millions of deaths annually and microtubule-targeting agents (MTAs) are the most commonly-used anti-cancer drugs. However, the high toxicity of MTAs on normal cells raises great concern. Due to the non-selectivity ...
Metagenomic analysis of the gastric microbiota cultivable from a patient with gastritis concomitant with Barrett’s esophagus

Gutiérrez Escobar, Andrés Julián; Bayona Rojas, Martín; Barragan Vidal, Carlos; Rojas Lara, Sebastián; Oliveros, Ricardo (2014-07)

Barrett’s esophagus is a distal metaplasia characterized by the transformation of squamous mucosa into columnar mucosa. This esophageal phenotype is a product not only of the chronic reflux of gastric acids, but also by ...
Percepción de los estudiantes de medicina de séptimo semestre de la Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A (nativos digitales) sobre métodos de enseñanza de urgencias gástricas en el primer periódo académico de 2016

Peñuela Romero, Alejandra María (Facultad de Ciencias de la SaludMedicina, 2016)

El mundo contemporáneo requiere de un conocimiento fundamental de la tecnología, sobre todo en la influencia directa de esta en la educación ya que las nuevas relaciones en el proceso enseñanza – aprendizaje lo requieren, ...
Rapid evolution of the Helicobacter pylori AlpA adhesin in a high gastric cancer risk region from Colombia

Gutiérrez Escobar, Andrés Julián; Méndez Callejas, Gina; Acevedo, Orlando; Bravo, Maria Mercedes (2018)

To be able to survive, Helicobacter pylori must adhere to the gastric epithelial cells of its human host. For this purpose, the bacterium employs an array of adhesins, for example, AlpA. The adhesin AlpA has been proposed ...

Envíos recientes

Análisis evolutivo de la adhesión: evidencia de selección positiva operante sobre el locus AlpAB Y el gen horB de Helicobacter pylori
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Gutiérrez Escobar, Andrés Julián | 2015-07

La adherencia es un proceso clave para la infección por He-licobacter pylori, regulada por la expresión coordinada de adhesinas. Dentro de este grupo encontramos las proteínas AlpA/B y HorB que, recientemente, han llamado la atención de la comunidad científica, por su papel en el fitness de la bacteria. El objetivo del presente estudio fue describir la his-toria evolutiva de AlpA/B y HorB, desde un enfoque filogeo-gráfico. Para este fin, se descargaron secuencias específicas para AlpA, AlpB y HorB desde Uniprot y fueron analizadas en Muscle, Mega 5.1, PhyML 3.0.1, DNAsp 5.0 y PAML 4.5. En este estudio, se identificó que los genes alpA, alpB y horB siguen un modelo evolutivo de nacimiento y de muerte de genes, bajo selección purificadora. Además, se detectaron patrones de diferenciación genética significativos para alpA, entre las poblaciones de América-Europa (FsT 0,51395) y de Europa-Asia (FsT 0,46030) y para alpB, entre las pobla-ciones de América-Europa (FsT 0,43711), datos soportados por la prueba McDonald y Kreitman. Seguidamente, me-diante la herramienta PAML 4.5, se detectó que un 9,51% de la proteína AlpA, un 8,5% de la proteína AlpB y un 5% de la proteína HorBestán bajo selección positiva, determinando la presencia de linajes selectivos de H. pylori para zonas geo-gráficas específicas, que favorecen la adherencia al hospede-ro. Finalmente, se concluye que los genes codificantes para las adhesinas AlpAB y HorB tienen procesos de adaptación locales correlacionados con los orígenes filogeográficos de las cepas analizadas.

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Biopelícula: un mecanismo de supervivencia de Helicobacter pylori
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Bayona Rojas, Martín Alonso | 2013-07

Helicobacter pylori is a pathogen which colonizes the human stomach and is associated with multiple gastrointestinal diseases. Metabolism occurs within a biofilm which is a complex exopolysaccharide that allows the bacterium to survive in hostile environments and be resistant to the action of antibiotics, since it prevents complete penetration of these compounds. The present review was designed to perform an update on the importance of the biopolymer regarding the survival of the bacteria and show its public health significance.

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Computational analysis of 1,3-propanediol operon transcriptional regulators: Insights into Clostridium sp. glycerol metabolism regulation
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Barragán, Carlos Eduardo | 2015

We designed a strategy for the sequencing and bioinformatical characterization of the 1,3-propanediol operon regulator genes from the Colombian Clostridium sp. strain IBUN13A, which is taxonomically related to Clostridium butyricum. Three genes are proposed to be involved in the operon’s transcriptional activity, the dhaS and dhaA genes through a two-component system and the third gene named dhaY, which encodes a putative transcriptional regulator similar to the domains of the dhaS/A system. Phylogenetic analyses indicated that the predicted proteins had a modular structure consisting of domains homologous to different signal transduction systems, but had significant differences concerning their conserved residues, pointing to the possibility that they constitute ancestral domains. In accordance with the prediction of functions, we propose a mechanism of regulation of the proteins studied of the 1,3-propanediol operon of the native strain, as a response to the presence of glycerol in the medium, which provides valuable information on the overall regulation of the glycerol metabolism in Clostridium sp.

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Interactome Analysis of Microtubule-targeting Agents Reveals Cytotoxicity Bases in Normal Cells
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Gutiérrez Escobar, Andrés Julián | 2017

Cancer causes millions of deaths annually and microtubule-targeting agents (MTAs) are the most commonly-used anti-cancer drugs. However, the high toxicity of MTAs on normal cells raises great concern. Due to the non-selectivity of MTA targets, we analyzed the interaction network in a non-cancerous human cell. Subnetworks of fourteen MTAs were reconstructed and the merged network was compared against a randomized network to evaluate the functional richness. We found that 71.4% of the MTA interactome nodes are shared, which affects cellular processes such as apoptosis, cell differentiation, cell cycle control, stress response, and regulation of energy metabolism. Additionally, possible secondary targets were identified as client proteins of interphase microtubules. MTAs affect apoptosis signaling pathways by interacting with client proteins of interphase microtubules, suggesting that their primary targets are non-tumor cells. The paclitaxel and doxorubicin networks share essential topological axes, suggesting synergistic effects. This may explain the exacerbated toxicity observed when paclitaxel and doxorubicin are used in combination for cancer treatment.

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Metagenomic analysis of the gastric microbiota cultivable from a patient with gastritis concomitant with Barrett’s esophagus
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Gutiérrez Escobar, Andrés Julián | 2014-07

Barrett’s esophagus is a distal metaplasia characterized by the transformation of squamous mucosa into columnar mucosa. This esophageal phenotype is a product not only of the chronic reflux of gastric acids, but also by microorganisms that colonize the oral cavity and stomach. Two classes of microbiota can be identified in Barrett’s esophagus; microbiota type I is associated with the normal esophagus and type II with an inflamed esophagus. The present study describes the gastric microbiota of a patient with antral gastritis concomitant with Barrett’s esophagus absent infection with Helicobacter pylori. Gastric biopsies were obtained following the protocol of Sydney and following ethical practices. The isolates were cultivated under microaerophilic conditions on Columbia Agar supplemented with IsoVitaleX™ and 7% sterile blood. Extracted DNA was sequenced using 454-GS and the results analyzed on the MG-RAST server. Gram negative isolates were found and bacteria resistant to levofloxacin, amoxicillin, tetracycline, erythromycin, and clarithromycin. The phyla Bacteroidetes, Firmicutes, Fusobacteria and Proteobacteria, the genus Bacteroides and the species group Bacteroides fragilis were most abundant. Functionally, the metabolism of carbohydrates, amino acids, and to a lesser extent, the metabolism of cofactors and vitamins were most dominant, and of which the enzymes β-glucosidase (EC 3.2.1.21), β-galactosidase (EC 3.2.1.23) and β-N-acetylhexosaminidase (EC 3.2.1.52) were most dominant. The findings of this study, because they are of only one case may probably suggest a possible pathogenic role, previously undescribed for Bacteroides fragilis, associated with human gastritis when concomitant esophageal pathology exists.

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Percepción de los estudiantes de medicina de séptimo semestre de la Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A (nativos digitales) sobre métodos de enseñanza de urgencias gástricas en el primer periódo académico de 2016
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Peñuela Romero, Alejandra María | 2016

El mundo contemporáneo requiere de un conocimiento fundamental de la tecnología, sobre todo en la influencia directa de esta en la educación ya que las nuevas relaciones en el proceso enseñanza – aprendizaje lo requieren, puesto que el hombre como ser humano evoluciona a diario como también el desarrollo de la inteligencia misma, este planteamiento se expresa en función de las personas que nacieron antes del universo de lo digital, hasta aquellos que están relacionados con este y utilizan a diario la informática misma. El presente trabajo de investigación es de tipo descriptivo transversal cuyo objetivo principal es conocer la percepción de los estudiantes de séptimo semestre medicina (nativos digitales) de la universidad U.D.C.A sobre las metodologías utilizadas actualmente en el proceso de enseñanza-aprendizaje de las patologías gástricas que se presentan en los servicios de urgencias, mediante el desarrollo de una página web de urgencias gástricas. La muestra estuvo conformada por 76 personas a las cuales se les aplico un instrumento de recolección de datos (encuesta) donde se recogió información acerca de los métodos que los estudiantes consideraron más importantes para el aprendizaje de las urgencias gástricas. El estudio revelo que los estudiantes de medicina de séptimo semestre eran nativos digitales con una edad media de 21.1 años considerando apropiado el uso de la página web como un método de enseñanza/aprendizaje de las urgencias gástricas en la formación de pregrado, considerando también el método activo más conveniente para adquirir conocimientos y competencias.

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Rapid evolution of the Helicobacter pylori AlpA adhesin in a high gastric cancer risk region from Colombia
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Gutiérrez Escobar, Andrés Julián | 2018

To be able to survive, Helicobacter pylori must adhere to the gastric epithelial cells of its human host. For this purpose, the bacterium employs an array of adhesins, for example, AlpA. The adhesin AlpA has been proposed as a major adhesin because of its critical role in human stomach colonization. Therefore, understanding how AlpA evolved could be important for the development of new diagnostic strategies. However, the genetic variation and microevolutionary patterns of alpA have not been described in Colombia. The study aim was to describe the variation patterns and microevolutionary process of alpA in Colombian clinical isolates of H. pylori. The existing polymorphisms, which are deviations from the neutral model of molecular evolution, and the genetic differentiation of the alpA gene from Colombian clinical isolates of H. pylori were determined. The analysis shows that gene conversion and purifying selection have shaped the evolution of three different variants of alpA in Colombia.

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Percepción de los estudiantes de medicina de séptimo semestre de la Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A (nativos digitales) sobre métodos de enseñanza de urgencias gástricas en el primer periódo académico de 2016

Rapid evolution of the Helicobacter pylori AlpA adhesin in a high gastric cancer risk region from Colombia

Análisis evolutivo de la adhesión: evidencia de selección positiva operante sobre el locus AlpAB Y el gen horB de Helicobacter pylori

Biopelícula: un mecanismo de supervivencia de Helicobacter pylori

Computational analysis of 1,3-propanediol operon transcriptional regulators: Insights into Clostridium sp. glycerol metabolism regulation

Interactome Analysis of Microtubule-targeting Agents Reveals Cytotoxicity Bases in Normal Cells

Metagenomic analysis of the gastric microbiota cultivable from a patient with gastritis concomitant with Barrett’s esophagus

Percepción de los estudiantes de medicina de séptimo semestre de la Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A (nativos digitales) sobre métodos de enseñanza de urgencias gástricas en el primer periódo académico de 2016

Rapid evolution of the Helicobacter pylori AlpA adhesin in a high gastric cancer risk region from Colombia