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Economic values for index improvement of dual-purpose Simmental cattle

Amaya, Alejandro | 2020

he selection index methodology is the best approach to increase profit in animal production by genetic selection due to the use of economic values for breeding goals. The aim of this study was to derive economic values through a deterministic bio-economic model in order to construct an economic selection index for dual-purpose Simmental cattle. Phenotypic, genetic and economic information from the Colombian Simmental genetic evaluation were used in this investigation to design a base production system. The economic values for weight at eight months of age, age at first calving, first lactation milk yield and first calving interval were obtained by calculating the partial derivatives of farm profit with respect to each trait, the relative economic importance for each trait was 43.45, 15.29, 5.33 and 35.93%, respectively. By increasing the selection index by one dollar, the milk yield contributed the most to genetic gain with an increase of 10.36 L, while the lowest genetic gain was found for the weight at eight months of age with an increase of 0.088 kg. The milk yield had the greatest economic contribution worth 0.642 dollar for each USD of increase in the index. The economic values and the final selection index provided favorable genetic and economic progress for milk, beef and reproductive traits in Simmental cattle under tropical conditions. Likewise, estimated economic values can be used to make decisions on the selection of foreign bulls to similar Simmental production systems.

Linkage disequilibrium, population stratification and patterns of ancestry in simmental cattle

Amaya, Alejandro | 2020

El uso masivo de pocos toros en programas de inseminación artificial afecta la composición y la estructura genética de una población. El objetivo de este estudio fue estimar la diversidad genética, estratificación genética, patrones de ancestría y el desequilibrio de ligamiento en ganado Simmental. Una muestra de 233 animales genotipados con 30106 marcadores tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP) fue usada. Los patrones de subdivisión genética y ancestría fueron estimados a través de análisis de componentes principales y probabilidades de asignación a grupos genéticos. El desequilibrio de ligamiento fue estimado como el cuadrado del coeficiente de correlación entre los SNP. El análisis por componentes principales no mostró patrones de subdivisión genética dentro de la población Simmental de Colombia. Sin embargo, el análisis de ancestría identificó una subdivisión genética de de tres grupos. Un valor de 0.3 para desequilibrio de ligamiento fue encontrado a una distancia de 33 kb. Los resultados permiten evidenciar el cambio en la estructura genética de una población debido al uso e importación de material genético proveniente de poblaciones que difieren en objetivos de cría y criterios de selección.

Population structure and genetic diversity in Colombian Simmental cattle

Amaya, Alejandro | 2020

A vital requirement to design and implement a breeding program is to know the structure and genetic diversity of a population. The aim of this study was to characterize population structure and genetic diversity of the Colombian Simmental cattle. The pedigree file included 27,985 animals born from 1975 to 2017. The level of genetic diversity and breed structure was evaluated through probabilities of gene origin expressed via effective number of founders, ancestors and founders genomes. The inbreeding rates and the degree of genetic connectivity were estimated using a regression analysis and a genetic drift variance analysis, respectively. The lowest effective number of founders and ancestors were 50 and 38 by year, respectively. The average inbreeding by year of birth decreased from 5.06% in 1980 to 2.25% in 2017. The dairy line genetic contributions in the overall population increased significantly in the last 37 years, and the beef line contribution decreased. Regarding the genetic connectivity, Colombian regions (administrative divisions) with the largest cattle population had higher values. The results indicate that the availability of European and North American bulls contributes to genetic diversity by increasing the effective number of founders over time in the Colombian Simmental cattle population. However, the intensive use of relatively few founders causes an unbalanced genetic contribution and the loss of genetic diversity by gene pool erosion.

Semillero de Investigación e Innovación en Sistemas de información, genética y modelación agropecuaria SIGMA -2021 II

Amaya, Alejandro | 2022-01-31

El Semillero de Investigación e Innovación Sistemas de información, genética y modelación agropecuaria SIGMA, presenta las actividades realizadas en el periodo 2021-2, mencionando los resultados obtenidos, el estado de avance y las limitaciones en el desarrollo de su plan de trabajo.

Semillero de Sistemas de información, genética y modelación agropecuaria SIGMA 2022-1

Amaya, Alejandro | 2022-06-02

La participación en los semilleros de investigación permite que el estudiante inicie, fortalezca o perfeccione su interacción con el sector productivo agropecuario, al identificar problemas de acuerdo con las necesidades locales, generando alternativas o soluciones viables incluyendo la rigurosidad del método científico. Adicionalmente, las actividades del semillero generan un aprendizaje más significativo, al relacionar directamente la teoría con el componente práctico de la disciplina estudiada, a partir de intereses o motivaciones personales a nivel profesional. Esta relación permite una identificación más pertinente de los problemas y promueve la autonomía y creatividad en la resolución de problemas.

Sistemas de Información, Genética y Modelación Agropecuaria (SIGMA): Informe de actividades 2020-II

Amaya, Alejandro | 2020-11-09

Sistemas de Información, Genética y Modelación Agropecuaria (SIGMA): Informe de actividades 2021-I

Amaya, Alejandro | 2021-06-15